一起刑事案件办理两年且期间变更两次强制措施，可能存在程序合法性、办案效率、强制措施适用合理性等方面的问题，以下为你详细分析：

程序合法性方面

1. 办案期限问题：根据我国《刑事诉讼法》规定，不同类型刑事案件有不同的办案期限。例如，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限一般不得超过二个月；案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月等。如果案件办理了两年，可能存在超期羁押的情况，这属于严重的程序违法。不过，也存在一些特殊情形可以延长办案期限，比如交通十分不便的边远地区的重大复杂案件、重大的犯罪集团案件等，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以延长二个月。但即便如此，也需要严格按照法定程序进行审批和操作。
2. 强制措施变更程序问题：强制措施的变更需要符合法定条件和程序。例如，从拘留变更为逮捕，需要有证据证明有犯罪事实，可能判处徒刑以上刑罚，采取取保候审、监视居住等方法，尚不足以防止发生社会危险性等。如果变更强制措施没有遵循法定程序，如未经批准擅自变更，就属于程序违法。

办案效率方面

1. 拖延办案：案件办理两年时间过长，可能存在办案人员拖延的情况。这可能是由于办案人员工作态度不积极、工作效率低下，或者存在其他不当因素导致案件久拖不决。拖延办案不仅会影响当事人的合法权益，也会损害司法机关的公信力。
2. 证据收集与固定困难：长时间的办案可能导致一些证据灭失或者难以收集。例如，证人记忆模糊、物证损坏等情况，这会影响案件的定性和量刑，进而影响办案效率和质量。

强制措施适用合理性方面

1. 初始强制措施选择不当：如果在案件初期选择了不适当的强制措施，可能会导致后续频繁变更。例如，对于一些情节较轻、社会危险性较小的犯罪嫌疑人，一开始就采取了逮捕这种较为严厉的强制措施，随着案件的进展，发现没有必要继续逮捕，就只能变更强制措施。
2. 变更强制措施依据不充分：两次变更强制措施需要有充分的理由和依据。如果变更强制措施没有基于案件事实和法律的规定，而是随意变更，就可能存在强制措施适用不合理的问题。比如，在没有新证据表明犯罪嫌疑人的社会危险性发生变化的情况下，就将取保候审变更为逮捕。

如果遇到此类情况，你可以直接向我咨询，我会结合具体案情为你详细分析其中存在的法律问题及应对策略。