针对您提出的“注册单位扣押医师证怎么处理”的问题，这确实是一个涉及医师合法权益的重要事项。首先，我们需要明确的是，医师证（包括《医师资格证书》和《医师执业证书》）是医师依法执业的凭证，任何单位或个人都无权扣押。
一、法律依据与权益保护
根据《中华人民共和国医师法》及相关规定，医师有权依法取得并持有自己的医师证，任何单位或个人不得非法扣押、伪造、变造、买卖、出租或出借医师证。如果注册单位扣押了您的医师证，这明显违反了法律规定，侵犯了您的合法权益。
二、处理步骤与建议
与单位沟通：
- 首先，您可以尝试与扣押医师证的单位进行沟通，明确表达您的诉求和法律依据，要求单位立即归还您的医师证。
- 在沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化冲突，尽量以书面形式（如邮件、信函）进行沟通，以便留下证据。
向卫健委投诉：
- 如果与单位沟通无果，您可以向当地卫生健康委员会（卫健委）投诉。卫健委是负责医师执业管理和监督的政府部门，有权对违法违规行为进行调查和处理。
- 在投诉时，您需要提供详细的证据材料，如扣押医师证的证明、与单位的沟通记录等，以便卫健委能够准确了解情况并作出处理。
寻求法律援助：
- 如果问题较为复杂或涉及法律纠纷，您可以考虑寻求法律援助。请咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的维权途径。
- 律师可以为您提供法律意见、代理诉讼等服务，帮助您维护自己的合法权益。
关注处理结果：
- 在向卫健委投诉或寻求法律援助后，您需要关注处理结果。如果卫健委或法院作出了有利于您的决定，您需要确保单位执行相关决定并归还您的医师证。
- 如果单位仍然拒绝归还医师证，您可以考虑采取进一步的法律措施，如申请强制执行等。
三、预防与注意事项
- 在未来的执业过程中，建议您注意保管好自己的医师证和相关证件，避免类似情况再次发生。
- 如果与单位存在劳动纠纷或其他问题，建议通过合法途径解决，避免采取过激行为或违反法律规定的行为。
总之，注册单位扣押医师证是违法行为，您有权通过合法途径维护自己的合法权益。希望以上建议能够对您有所帮助。