若合同中指定的收款单位并非公司本身，这可能会引发一系列法律和实务上的问题，但具体处理方式需根据实际情况来判断。以下是从不同角度对此问题的全面分析：
一、合同效力角度
合同相对性原则：
- 一般情况下，合同具有相对性，即合同条款主要约束合同双方。如果合同中明确指定了收款单位，且该单位并非公司，但合同双方（包括付款方）均认可这一安排，那么从合同自由的角度来看，这一条款可能是有效的。
- 但需注意：如果收款单位的指定违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么该条款可能被认定为无效。
表见代理或委托收款：
- 如果公司能够证明指定收款单位的行为是基于其授权（如表见代理、委托收款等），且付款方对此知情并同意，那么这种安排可能是合法的。
- 关键点：公司需要提供充分的证据来证明其与收款单位之间的法律关系，以及付款方对此的知情和同意。
二、实务操作角度
付款方拒绝付款：
- 如果付款方以收款单位非公司为由拒绝付款，公司可能需要通过法律途径来维护自己的权益。
- 解决途径：公司可以起诉付款方，要求其按照合同约定履行付款义务。同时，公司也可以考虑与收款单位协商，看是否能够通过其他方式（如债权转让）来收回款项。
收款单位不配合：
- 如果收款单位收到款项后不配合公司进行后续操作（如开具发票、提供服务等），公司可能会面临一定的风险。
- 风险防范：公司在指定收款单位时，应尽可能选择信誉良好、合作意愿强的单位，并在合同中明确双方的权利和义务，以降低风险。
三、法律建议
审查合同条款：
- 公司在签订合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于收款单位的指定。如果可能的话，应尽量避免指定非公司本身的单位作为收款方。
完善授权手续：
- 如果确实需要指定非公司本身的单位作为收款方，公司应完善相关的授权手续，如签订委托收款协议、出具授权委托书等，以确保付款方能够认可并接受这一安排。
及时沟通协商：
- 在合同履行过程中，如果出现问题或争议，公司应及时与付款方和收款单位进行沟通协商，寻求妥善的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果问题无法通过沟通协商解决，公司应及时寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自己的权益。
总结来看，合同中指定收款单位并非公司本身时，公司需要谨慎处理。从合同效力角度来看，要确保合同条款的合法性和有效性；从实务操作角度来看，要防范付款方拒绝付款和收款单位不配合的风险；从法律建议角度来看，要审查合同条款、完善授权手续、及时沟通协商并寻求法律帮助。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。