当合同单位和收款单位不一致时，为保证双方权益，可采取以下措施：
一、核实情况并获取证明文件
核实不一致原因：
- 首先，通过内部沟通或与对方直接联系，核实收款人与合同方不一致的具体原因。这可能涉及误解、操作失误、人员变动、业务调整或存在委托关系等多种情况。
- 在沟通过程中，要求收款方提供收款主体变更的合理解释和相关证明文件，如公司决议、业务转让协议或委托手续等，以确认其合法性和有效性。
获取收款人资格证明：
- 为规避潜在纷争风险，建议邀请对方开出一份明确收款人资格的证明文件，且该文件须由对方加盖公章。这份证明文件应详细说明收款人的身份、联系方式及其与合同方之间的利益关联性。
二、审查合同约定及变更程序
审查合同付款条款：
- 仔细研究合同中的付款条款，特别是关于收款主体变更的约定。若合同中明确规定了变更收款人的程序，双方必须严格遵循该程序操作，包括提前通知的天数、书面形式的要求以及对方的书面确认等。
确保变更符合合同约定：
- 确保所有变更均符合合同约定的条件和程序。若合同未明确规定变更程序，双方应协商一致并签订补充协议，明确变更事项和双方的权利义务。
三、签订补充法律文件
签订补充协议：
- 如果双方认可收款人与合同方不一致的情况，并希望继续交易，应签订一份补充协议。该协议应明确说明原合同的相关信息、收款方变更的具体情况（包括新收款人的名称、账号、开户行等），并约定以补充协议为准对付款事宜进行调整。
出具收款授权书：
- 也可以考虑由合同约定的收款方出具收款授权书，授权实际收款人代为收取款项。授权书中应注明明确的金额范围、期限等内容，并确保授权书由授权方加盖公章或签字确认。
四、防范风险与采取后续措施
保留证据：
- 在整个处理过程中，双方都应妥善保留沟通记录、补充协议、授权书、付款凭证等各类证据。这些证据在后续可能出现的纠纷中具有至关重要的证明作用。
关注资金流向：
- 付款方在付款时需谨慎操作，确保资金准确无误地支付到经认可的收款账户，并及时获取收款凭证以证明款项已支付。
检查是否存在违法违规：
- 特别留意是否存在借用账户或第三方代收等可能违法违规的情况，并进行相应的调查和核查。若发现违法违规行为，应及时采取措施予以纠正，并保留相关证据以备后续处理。
法律救济：
- 若无法协商解决，且涉及金额较大或可能引发法律纠纷，应及时咨询专业律师（即本人贺飞达律师，专注于经济纠纷、合同纠纷领域）。必要时，可通过法律途径如提起诉讼或申请仲裁来维护自身合法权益。
采取上述措施后，双方应确保整个处理过程合法合规，并妥善保留证据以应对可能的纠纷。若在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可直接向我咨询。