在请假期间工厂休息扣工资是否合法，需根据请假类型及工厂规章制度综合判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、事假期间扣工资
- 处理原则：员工请事假期间，未提供劳动，工厂按照相应规定扣除请假期间工资是合法的。但工厂若额外扣除其他工资（即倒扣工资），则一般是不合法的。
- 法律依据：根据原劳动部《关于印发〈对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定〉的通知》，工资分配应遵循按劳分配原则。员工请事假未提供劳动，不支付当天工资合理，但倒扣工资违背了此原则。
- 实例说明：如员工月工资6000元，请1天事假，单位应仅扣除当天工资（约275.86元，按30天计算），而非额外再扣。
二、病假期间扣工资
- 处理原则：职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，工厂应按规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于最低工资标准的80%。若工厂在员工合法病假期间全额扣钱，则不合法。
- 法律依据：根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，病假工资或疾病救济费可低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
- 实例说明：若当地最低工资标准为2000元，员工请5天病假，其病假工资每天至少应为73.56元（2000元×80%÷21.75天，按21.75天计算月计薪天数），单位不得倒扣。
三、法定带薪假期间扣工资
- 处理原则：年休假、婚假、产假、陪产假、丧假等属于法定带薪假，员工享受这些假期时，工厂应按劳动合同规定的标准支付工资。倒扣这些假期的工资是违法的。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》，劳动者依法享受年休假、探亲假、婚假、丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。
- 实例说明：如员工依法享受5天婚假，单位应正常支付这5天的工资，不得倒扣。
四、特殊情况
- 若工厂内有明确且合法的规章制度规定请假需倒扣工资，并且该规定不违反国家法律法规（如最低工资标准等），则可能视为合法。但这种情况较为罕见，且需确保规定内容合法、合理。
- 在实际操作中，员工应首先了解自身权益和工厂规定，若认为规定存在问题或自身权益受到侵害，应及时与工厂沟通解决。
五、维权途径
- 遇到请假扣工资的情况，员工应先尝试与工厂协商解决。
- 协商无果时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：员工在请假前应了解工厂的规章制度和请假流程，确保自己的请假行为符合规定。同时，在请假期间应保留好相关证据（如请假条、医疗证明等），以便在发生纠纷时维护自己的权益。如果有任何疑问或遇到问题，可以直接向我咨询。