公司可能需承担行政责任、民事赔偿责任，情节严重的还可能承担刑事责任。具体分析如下：

1. 行政责任
   根据《保安服务管理条例》及相关规定，保安员证属于个人职业资格证件，具有人身专属性。公司未经允许使用他人证件注册，属于“冒用他人身份信息”或“提供虚假材料”的违法行为。行政机关可对公司处以罚款（如1万元至5万元）、责令限期整改，甚至吊销营业执照。若涉及保安服务公司，还可能被暂停或取消保安服务资质。

2. 民事赔偿责任
   被冒用证件者有权要求公司停止侵权、消除影响，并赔偿因证件被冒用导致的损失（如误工费、名誉损害等）。若证件被用于违法活动（如公司以该证件逃避监管从事非法保安业务），被冒用者可能因“表见代理”被牵连，此时公司需承担全部赔偿责任。

3. 刑事责任风险
   若公司通过伪造证件、虚构劳动关系等手段注册，可能触犯《刑法》第280条“伪造、变造、买卖国家机关证件罪”，对直接责任人员处3年以下有期徒刑；若冒用行为导致重大安全事故（如保安员未实际到岗但公司以该证件通过检查，最终发生事故），还可能涉及“重大责任事故罪”。

建议：公司应立即停止使用该证件，主动向行政机关说明情况并配合调查，同时与被冒用者协商赔偿，避免事态扩大。若已收到行政处罚通知或面临诉讼，需尽快委托律师介入处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。