违反《中华人民共和国公务员法》第五十九条的处理方式需根据具体违规情形、情节轻重及造成的后果综合判定，主要分为以下几种处理类型：

1. 警告、记过、记大过等政务处分
   若公务员存在第五十九条列举的违规行为（如违反工作纪律、滥用职权、玩忽职守等），但情节较轻、未造成严重后果，通常由任免机关或监察机关根据《公务员法》第六十二条，给予警告、记过或记大过处分。此类处分不影响工资待遇，但会记入个人档案，影响晋升和评优。

2. 降级、撤职处分
   若违规行为情节较重（如造成公共财产损失、影响政府公信力等），可能面临降级或撤职处分。降级会降低工资级别，撤职则直接免除现任职务，按降低后的职务重新确定工资待遇。

3. 开除公职
   若违规行为情节严重（如贪污贿赂、严重渎职、泄露国家秘密等），或经多次处分仍不改正，依据《公务员法》第六十二条，可予以开除。开除后丧失公务员身份，且五年内不得重新录用为公务员。

4. 刑事责任追究
   若违规行为涉嫌犯罪（如受贿、滥用职权罪等），将依法移送司法机关处理。此时，公务员可能同时面临政务处分（如开除）和刑事处罚（如有期徒刑、罚金等）。

处理程序要点：

• 调查取证：由任免机关或监察机关对违规行为进行调查，收集证据（如书面材料、证人证言等）。
  
• 处分决定：根据调查结果，由有权机关作出处分决定，并书面通知本人。
  
• 申诉权利：公务员对处分不服的，可自知道处分之日起三十日内申请复核，或六十日内提出申诉（《公务员法》第九十五条）。
  

建议：
若您或他人涉及此类问题，需结合具体行为性质（如是否涉及职务犯罪、是否主动交代等）和地方实施细则进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询具体情形下的法律风险及应对策略。