工商变更登记有股东不能签字时，公司应首先尝试协商沟通；若协商无果，则需依据公司章程和法律规定，通过股东会决议、司法诉讼或行政救济等途径解决。以下是详细分析：

一. 协商沟通

• 重要性：首要步骤是进行友好协商，了解股东不能签字的具体原因和诉求，尝试通过调整转让条款或给予适当补偿来解决问题。
• 实施方式：可以通过面对面交流、电话会议或书面函件等方式进行协商。

二. 依据公司章程与法律规定

1. 查阅公司章程：检查章程中是否有关于股权转让的特别规定，如优先购买权、强制收购条款等，若章程有明确规定，且符合法定条件，则按章程执行。
2. 股东会决议：合法召集股东会，确保通知程序合规，并根据《公司法》和公司章程，股东会决议需满足一定表决权比例，通常要求过半数同意。若股东会决议通过股权转让及工商变更，即使部分股东不签字，也可依此办理变更登记。
3. 保障优先购买权：对于主张优先购买权的股东，需确认其是否在规定时间内和同等条件下行使该权利，若未按规定行使，则其不签字不影响股权转让。

三. 司法途径与行政救济

1. 提起诉讼：若协商和公司章程途径均无法解决，可向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求判令股东履行配合工商变更登记的义务，并提供充分证据证明股权转让的合法性和有效性。
2. 申请豁免或行政复议：向工商行政管理部门申请豁免股东签字同意的规定，或若工商登记部门以部分股东不签字为由拒绝办理变更登记，而申请人认为申请符合法定条件和程序，可申请行政复议或直接提起行政诉讼。

四. 注意事项

• 材料准备：确保提交的材料真实、准确、完整，包括变更登记申请书、股东会决议、修改后的公司章程、股权转让协议等。
• 税费缴纳：及时履行税务申报和缴纳义务，避免产生税务风险。
• 法律咨询：建议全程咨询专业律师或法律机构，确保合法合规操作。

综上所述，处理工商变更登记有股东不能签字的情况，需综合运用多种手段，并确保整个过程的合法性与合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。