协议未盖章生效，其中的保证条款一般不可以单独有效，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：协议未生效，保证条款通常无效
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。在合同纠纷中，盖章通常是合同生效的一个重要条件，尤其是当合同明确约定“本合同自双方签字盖章之日起生效”时。若协议未盖章，则通常意味着合同尚未生效。
保证条款作为合同的一部分，其效力通常依赖于主合同的效力。如果主合同因未盖章而未生效，那么其中的保证条款一般也视为未生效。这是因为保证条款的存在是为了保障主合同中债权人的权益，如果主合同本身不具有法律效力，那么保证条款也就失去了其存在的基础。
二、例外情形：保证条款可能单独有效
尽管在一般情况下，协议未盖章生效时保证条款也无效，但存在以下例外情形，使得保证条款可能单独有效：
保证合同独立于主合同：
- 如果保证合同（或保证条款）在形式上和内容上都独立于主合同，且双方明确约定了保证合同的生效条件（如仅需保证人签字即可生效），那么即使主合同未盖章生效，保证合同也可能单独有效。
- 这种情况下，保证人需要承担保证责任，因为保证合同本身已经具备了法律效力。
法律或司法解释的特别规定：
- 在某些特定情况下，法律或司法解释可能规定保证条款在主合同未生效时仍可单独有效。例如，在涉及金融消费者权益保护的场合，法律可能倾向于保护消费者的利益，使得即使主合同未生效，保证条款也可能对保证人产生约束力。
- 但这种情况较为罕见，且需要具体分析相关法律法规和司法解释的规定。
当事人之间的特别约定：
- 如果双方当事人在协议中明确约定了“即使主合同未盖章生效，保证条款也单独有效”，那么这种约定通常会被视为有效。
- 这种情况下，保证人需要按照约定承担保证责任，因为双方已经通过特别约定改变了保证条款效力的通常规则。
三、法律建议与风险提示
对于债权人：
- 在签订合同时，应确保合同已经双方签字盖章，以避免因合同未生效而导致的权益受损。
- 如果希望保证条款在主合同未生效时仍可单独有效，应在合同中明确约定，并考虑咨询专业律师以获取法律建议。
对于保证人：
- 在提供保证时，应仔细阅读合同条款，特别是关于保证条款效力的约定。
- 如果认为保证条款可能在主合同未生效时仍对自己产生约束力，应谨慎考虑是否提供保证，并考虑咨询专业律师以评估风险。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。