盖了章的保底协议是否有效，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议内容合法性是关键

1. 合法内容有效：若保底协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，那么该协议在盖了章（即双方确认）后，通常是有效的。例如，双方约定在一定条件下，一方给予另一方最低收益保障，且该约定不损害国家、集体或第三人利益，这样的协议是受法律保护的。

2. 违法内容无效：如果保底协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法集资、赌博等违法活动，那么即使盖了章，该协议也是无效的。因为法律不会保护任何非法行为或利益。

二、盖章的法律意义

盖章在法律上通常被视为双方对协议内容的确认和接受，是协议生效的重要条件之一。但盖章本身并不决定协议的内容是否合法或有效。它只是表明双方已经就协议内容达成了一致，并愿意承担相应的法律责任。

三、其他可能影响协议效力的因素

1. 主体资格：签订协议的双方必须具备相应的民事行为能力。如果一方是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，那么其签订的协议可能无效或需要法定代理人的同意。

2. 意思表示真实：双方签订协议时，必须意思表示真实，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。如果一方在签订协议时存在重大误解或显失公平的情况，那么该协议可能被撤销或变更。

3. 协议形式：虽然盖章是协议生效的重要条件之一，但某些特定类型的协议可能还需要满足其他形式要求，如书面形式、公证等。如果协议形式不符合法律规定，那么该协议可能无效。

四、法律建议

1. 审查协议内容：在签订保底协议前，务必仔细审查协议内容，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

2. 确认主体资格：确认签订协议的双方具备相应的民事行为能力，避免与无民事行为能力人或限制民事行为能力人签订协议。

3. 保留证据：在签订协议时，建议双方保留好相关证据，如协议原件、盖章记录等，以备不时之需。

4. 寻求法律帮助：如果您对保底协议的效力存在疑问，或者遇到相关法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。

举例说明：假设甲、乙双方签订了一份保底协议，约定甲在一定条件下给予乙最低收益保障。如果该协议内容合法，双方意思表示真实，且都具备相应的民事行为能力，那么该协议在盖了章后就是有效的。但如果协议内容涉及非法集资等违法活动，那么即使盖了章，该协议也是无效的。

总结来看，盖了章的保底协议是否有效，取决于协议内容是否合法、双方是否具备相应的民事行为能力、意思表示是否真实以及协议形式是否符合法律规定等多个因素。因此，在签订保底协议时，务必谨慎审查协议内容，确保协议的合法性和有效性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。