针对您提出的“公司把税务注销了保留营业执照合法吗”这一问题，以下是我的详细解答：
一、一般情况分析
在我国，税务登记和工商登记是紧密相连的。当公司办理税务注销登记时，通常意味着其纳税义务已经终结，且经营活动也大概率停止。根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，公司在解散或终止纳税义务时，应依法同时向税务机关和工商行政管理机关办理注销登记。若仅注销税务登记证而不注销工商营业执照，这将被视为证照不全，公司可能面临法律处罚，同时还会影响法定代表人和股东的个人信用记录及未来的商业活动。
此外，《中华人民共和国市场主体登记管理条例》也明确规定，市场主体在歇业、终止等情况下都应当办理注销登记。如果公司在税务注销后不注销工商营业执照，且不进行正常的经营活动和工商年报等，市场监管部门有权将其列入经营异常名录，甚至吊销营业执照。
二、特殊情形分析
尽管在一般情况下，公司税务注销后应同时注销工商营业执照，但也存在一些特殊情形，使得公司在税务注销后仍可能保留工商营业执照：
办理了歇业登记： 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》，因自然灾害、事故灾难、公共卫生事件、社会安全事件等原因造成经营困难的市场主体，可以自主决定在一定时期内歇业，并在歇业前向登记机关办理备案。若公司在税务注销前已经办理了歇业登记，且在歇业期限内，理论上是可以保留工商营业执照的。待后续准备恢复经营时，公司需按规定办理相关手续。
存在特殊经营需求： 某些特定行业或公司可能由于政策要求或经营模式的特殊性，存在税务登记注销但仍需保留工商营业执照的情况。例如，部分公司因业务调整而停止部分板块的运营并注销了税务登记，但仍有少量不需要进行税务申报的业务或计划未来重新开展涉税业务。在这种情况下，经过向市场监管部门和税务部门充分沟通并获得许可后，有可能保留工商营业执照。但这种情况较为少见，且需要满足严格的条件和经过特定的审批程序。
三、建议与结论
为确保公司注销流程的合法性和有效性，我建议您按照以下步骤操作：
综上所述，单位税务登记证注销后，通常应同时办理工商营业执照的注销手续。但在特定情形下，如办理了歇业登记或存在特殊经营需求，并经过相关部门许可后，可能保留工商营业执照。务必遵循相关法律法规的规定，确保公司注销流程的合法性和有效性。