结论：公司已注销后，税务机关要求补交个人所得税是否合法，需根据具体情况判断。若公司注销前存在未依法代扣代缴个人所得税的情形，或股东在公司注销后取得应税所得，税务机关要求补税是合法的；反之，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、公司注销前的税务责任
代扣代缴义务：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，公司作为支付所得的单位，有义务代扣代缴员工的个人所得税。若公司在注销前未依法履行代扣代缴义务，税务机关有权在公司注销后向相关责任人（如股东、法定代表人等）追缴税款。
清算过程中的税务处理：
- 公司注销时，应进行清算，并处理完毕所有税务事宜。若清算过程中发现存在未缴纳的税款，包括个人所得税，清算组应负责补缴。若清算组未履行补缴义务，税务机关同样有权追缴。
二、公司注销后的税务责任
股东取得剩余财产的税务处理：
- 公司注销后，股东取得公司剩余财产，若该财产属于应税所得（如股息、红利等），股东应依法缴纳个人所得税。税务机关在此情况下要求补税是合法的。
公司注销后发现未缴税款的情形：
- 若公司注销后，税务机关发现公司在注销前存在未缴纳的税款，且该税款与股东或相关责任人有关，税务机关有权依法追缴。但这种情况下，税务机关需提供充分的证据证明税款的存在及与股东或相关责任人的关联性。
三、具体案例分析
案例一：若公司注销前，未依法代扣代缴员工的个人所得税，且清算过程中也未处理该事宜。税务机关在公司注销后发现该问题，有权向相关责任人追缴税款。此时，税务机关要求补税是合法的。
案例二：若公司注销后，股东取得公司剩余财产，且该财产属于应税所得。股东未依法缴纳个人所得税，税务机关要求补税同样是合法的。
案例三：若公司注销后，税务机关无法证明公司存在未缴纳的税款，或无法证明该税款与股东或相关责任人有关，则税务机关要求补税可能缺乏法律依据，此时可能不合法。
四、建议与措施
核实税务机关的要求：
- 若收到税务机关要求补税的通知，首先应核实通知的内容，包括补税的原因、金额、依据等。
咨询专业律师：
- 如有疑问或认为税务机关的要求不合法，建议咨询专业律师（如我，刘季锋律师，专注于婚姻家庭、经济纠纷领域），以获取专业的法律意见和帮助。
积极配合税务机关：
- 若确认存在未缴纳的税款，应积极配合税务机关的工作，及时补缴税款，以避免不必要的法律风险和处罚。
保留相关证据：
- 在处理税务事宜过程中，应保留好相关证据，如税务机关的通知、补税凭证、公司注销文件等，以备不时之需。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。