针对多年员工亲属关系不实的情况，企业可以依法依规进行处理，但需确保流程合法合规，避免引发劳动争议。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、法律角度
劳动合同与规章制度：
- 如果员工在入职时或在职期间，未如实申报亲属关系，且该亲属关系与公司存在利益冲突（如成为公司经销商、供应商等），这可能违反了劳动合同中的约定或公司规章制度。
- 根据《劳动合同法》及相关规定，员工应遵守公司的规章制度，如实申报与工作相关的信息。若员工隐瞒或虚假申报，公司有权依据规章制度进行处理。
辞退流程：
- 若公司决定辞退该员工，需确保辞退流程合法合规。这包括提前书面通知工会（如有工会）、向员工送达正确规范的解除劳动合同通知书等。
- 辞退理由应充分且明确，如“严重违反公司规章制度”等，并确保该规章制度已经过民主程序制定且公示告知员工。
二、实务操作角度
调查与取证：
- 在处理前，公司应进行充分的调查，收集相关证据，如员工手册签阅记录、面谈记录、亲属关系证明等。
- 证据应确凿、充分，能够证明员工确实存在隐瞒或虚假申报亲属关系的行为。
沟通与协商：
- 在处理前，公司可以尝试与员工进行沟通，了解其隐瞒或虚假申报的原因，并尝试通过协商解决问题。
- 若员工愿意改正并承诺今后遵守公司规章制度，公司可以考虑给予一定的宽限期或警告处理。
处理决定：
- 若沟通无果或员工行为严重违反公司规章制度，公司可以作出辞退决定。
- 辞退决定应书面通知员工，并明确辞退理由和依据。
三、风险防范角度
完善规章制度：
- 公司应制定完善的规章制度，明确禁止员工隐瞒或虚假申报与工作相关的信息，如亲属关系等。
- 规章制度应经过民主程序制定，并公示告知员工，确保员工知晓并同意遵守。
加强培训与教育：
- 公司应定期对员工进行规章制度培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。
- 培训内容应包括公司规章制度、利益冲突准则、诚信原则等。
建立监督机制：
- 公司应建立监督机制，对员工的行为进行监督和检查。
- 若发现员工存在隐瞒或虚假申报等行为，应及时进行处理并记录在案。
四、案例参考
- 参考类似案例，如某员工隐瞒亲属关系成为公司经销商，公司依据规章制度进行辞退并获得法院支持。这表明，在证据充分、流程合法的前提下，公司有权对隐瞒或虚假申报亲属关系的员工进行处理。
建议：针对多年员工亲属关系不实的情况，公司应首先进行调查取证，确保证据确凿充分；然后尝试与员工进行沟通协商，看是否能够解决问题；若无法协商解决，且员工行为严重违反公司规章制度，公司可以依法依规进行辞退处理。但务必确保辞退流程合法合规，避免引发劳动争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。