存疑不起诉的案件并不算被公安机关行政处罚过。以下是对此问题的详细分析：
一、存疑不起诉的基本概念
存疑不起诉，也称证据不足的不起诉，是指在刑事诉讼过程中，检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，从而依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定作出的不起诉决定。这一制度体现了检察机关在行使公诉权时的谨慎态度以及对证据严格要求的原则。
二、存疑不起诉与行政处罚的关系
法律性质不同：存疑不起诉是检察机关在刑事诉讼中的一种处理决定，它并不直接等同于行政处罚。行政处罚是行政机关对违反行政法规的行为所给予的制裁，而存疑不起诉则是对刑事案件证据不足的一种处理方式。
审查行政处罚的必要性：虽然存疑不起诉本身不是行政处罚，但检察机关在拟作出存疑不起诉决定时，仍需同步审查是否需要对被不起诉人给予行政处罚。这是根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定以及加强行政执法与刑事司法衔接工作的要求来进行的。然而，这种审查并不意味着被不起诉人已经被行政处罚过，而是对未来可能进行的行政处罚的一种预先考虑。
行政处罚的独立性：行政处罚是由行政机关独立作出的，与检察机关的存疑不起诉决定相互独立。即使检察机关在存疑不起诉时建议了行政处罚，这也不意味着被不起诉人已经被实际处罚过，因为行政处罚的最终作出还需要行政机关的进一步审查和决定。
三、存疑不起诉后可能面临的行政处罚
行政处罚的种类：如果存疑不起诉后，被不起诉人的行为被行政机关认定为违反行政法规，那么可能会面临警告、罚款、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照等行政处罚。但这些处罚是在存疑不起诉决定之后，由行政机关独立作出的，与存疑不起诉决定本身无关。
一事不再罚原则：对于存疑不起诉后被行政处罚的情况，如果因出现新的证据被提起公诉并判处刑罚，那么需要对此前的行政处罚予以考虑。如果行政处罚是警告、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照等申诫罚、行为罚，则不涉及一事不再罚原则；如果行政处罚是行政拘留、罚款等人身自由罚、财产罚，则在追究刑事责任时需适当从轻，并依法对判处自由刑、罚金刑的进行折抵。但这并不改变存疑不起诉本身不算行政处罚的事实。
总结与建议：
存疑不起诉的案件并不算被公安机关行政处罚过。存疑不起诉是检察机关在刑事诉讼中的一种处理决定，而行政处罚是行政机关对违反行政法规的行为所给予的制裁。两者在法律性质、作出机关以及法律后果等方面都存在明显差异。如果您或他人面临类似情况，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。