已经撤销的部门作出的证明书，其法律效力需视具体情况而定，不能一概而论其有效或无效。以下从不同角度进行分析：
证明书内容本身的合法性与真实性
- 如果证明书的内容本身合法、真实，且该证明书所证明的事实或状态在撤销部门存在时即为真实，那么即使部门被撤销，该证明书所证明的事实或状态通常不会因此而改变。例如，一个部门在撤销前出具的关于某房产所有权的证明书，如果该证明书内容真实，且房产所有权在部门撤销前已确定，那么该证明书在部门撤销后仍然可以作为证明房产所有权的证据。
- 然而，如果证明书的内容存在违法或虚假情况，那么无论部门是否被撤销，该证明书都不具有法律效力。
证明书出具部门的权限与职责
- 部门被撤销可能意味着其原有的权限和职责被转移或取消。如果证明书所涉及的事项属于该部门被撤销后不再具有的权限或职责范围，那么该证明书在部门撤销后可能不再具有原有的法律效力。例如，一个负责市场监管的部门被撤销后，其之前出具的关于市场准入方面的证明书，在部门撤销后可能不再作为市场准入的依据。
- 另一方面，如果证明书所涉及的事项属于其他部门或机构仍然具有的权限或职责范围，且该证明书的内容与其他部门或机构的规定相符，那么该证明书可能仍然具有一定的法律效力。
相关法律法规的规定
- 法律法规可能对已经撤销的部门作出的证明书的法律效力有明确规定。例如，某些法律法规可能规定，部门被撤销后，其之前出具的证明书在特定条件下仍然有效；或者规定，部门被撤销后，其之前出具的证明书需要经过特定程序（如重新审核、确认等）才能继续有效。
- 因此，在判断已经撤销的部门作出的证明书的法律效力时，需要查阅相关法律法规的规定。
后续处理与补救措施
- 如果已经撤销的部门作出的证明书在部门撤销后失去法律效力，且该证明书对当事人具有重要意义，那么当事人可以采取相应的补救措施。例如，当事人可以向相关部门或机构申请重新出具证明书，或者通过法律途径解决争议。
建议：
- 在面对已经撤销的部门作出的证明书时，当事人应首先核实证明书的内容真实性、合法性以及出具部门的权限与职责。
- 其次，当事人应查阅相关法律法规的规定，了解该证明书在部门撤销后的法律效力。
- 最后，如果证明书失去法律效力且对当事人具有重要意义，当事人应及时采取补救措施以维护自己的合法权益。
如果有任何关于行政纠纷、刑事辩护、房屋拆迁、土地纠纷、行政诉讼等方面的法律问题，可以直接向我咨询。