政府以土地厂房入股是合法的，但需满足一定条件并遵循相关法律程序。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国土地管理法实施条例》：该条例明确规定了国有土地使用权作价出资、入股及授权经营的相关要求，强调了必须获得相关部门许可才能进行此类出资行为。
《国有企业改革中划拨土地使用权管理暂行规定》：此规定进一步细化了国有土地使用权作价出资、入股的具体操作流程和管理要求，确保了政府以土地入股的合法性和规范性。
《中华人民共和国公司法》第二十七条：该条款明确股东可以用土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资，但法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。这为政府以土地使用权入股提供了法律基础。
二、合法条件与程序
获得相关部门许可：政府以土地厂房入股前，必须获得相关部门的许可，这是合法性的前提。
土地使用权作价出资：政府通常以一定年限的国有土地使用权作价为资本，注入到改造后的新设立企业之中。这部分土地使用权将遵循土地管理相关法律法规中的出让土地使用权的规定进行转让、租赁和抵押等操作。
国有股权持股单位管理：土地使用权作价出资（入股）所形成的国家股份股权，将依法由具有审批权的人民政府土地管理部门委任有资质的国有股权持股单位进行统一管理与持有。
参照出让程序办理：以作价出资（入股）方式供应国有建设用地使用权时，可参照出让程序办理，由属地规划自然资源部门拟定供地方案，报有批准权的人民政府批准后实施。
三、实际案例与操作
在实际操作中，政府与企业合作投资建设标准厂房、科技孵化器等项目时，常采取“政府出地、企业出钱”的模式。即区县政府以国有土地使用权作价出资（入股），与企业共同投资建设。这种情况下，企业无需另行缴纳土地出让价款，政府则以一定年期的国有土地使用权作价出资投入改组后的新设企业，该土地使用权由新设企业持有。
四、法律建议
确保合法合规：政府在以土地厂房入股前，应确保已获得相关部门的许可，并遵循相关法律程序。
评估作价合理：对作为出资的非货币财产（如土地使用权）应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。
明确股权管理：土地使用权作价出资（入股）所形成的国家股份股权，应明确由具有审批权的人民政府土地管理部门委任的国有股权持股单位进行统一管理与持有。
如有任何关于政府以土地厂房入股的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。