结论前置：若两个药店合作过程中出现一方不给钱的情况，可通过申请仲裁要求对方支付款项并赔偿损失，具体操作需结合合作协议、违约情形及证据情况综合判断。以下是分情况说明及操作建议：

1. 先确认合作协议的性质及仲裁条款

• 若合作协议中有明确仲裁条款（如约定“因本协议产生的争议提交XX仲裁委员会仲裁”），则可直接依据协议向约定的仲裁机构申请仲裁，要求对方支付拖欠款项及违约金（如有约定）。
• 若无仲裁条款但有书面合作协议，可先与对方协商补充仲裁条款；若协商不成，需通过法院诉讼解决（此时无法直接仲裁）。
• 若无书面协议，需收集其他证据（如聊天记录、转账记录、合作记录等）证明合作关系及欠款事实，再根据证据情况选择仲裁或诉讼。

2. 仲裁请求的构成及证据准备

• 请求事项：
  1. 要求对方支付拖欠的款项（如货款、分成款等）；
  2. 要求对方赔偿因违约造成的损失（如利息、律师费、额外成本等）；
  3. 若协议有违约金条款，可一并主张违约金。
• 关键证据：
  1. 合作协议（书面或电子版）；
  2. 对方未付款的证明（如对账单、催款记录、对方确认欠款的书面材料）；
  3. 损失计算依据（如银行利息单据、第三方收费凭证等）。

3. 仲裁流程及注意事项

• 申请仲裁：向约定的仲裁委员会提交仲裁申请书、证据材料及双方身份信息。
• 仲裁庭组成：仲裁委会指定或双方协商选定仲裁员，组成仲裁庭审理案件。
• 开庭与裁决：仲裁庭会组织开庭，双方陈述意见、提交证据，最终由仲裁庭作出裁决。
• 执行裁决：若对方不履行裁决，可向法院申请强制执行。

4. 特殊情形处理

• 若对方否认合作关系：需通过证据证明双方存在实际合作（如供货记录、联合宣传材料等）。
• 若欠款金额有争议：需提供明确的计算依据（如协议约定的分成比例、实际销售数据等）。
• 若对方已部分履行：需在仲裁请求中扣除已支付部分，仅主张剩余欠款。

5. 建议操作步骤

1. 整理所有与合作相关的书面材料及证据；
2. 核对合作协议中关于付款、违约及争议解决的条款；
3. 联系对方发送书面催款函（保留送达证据）；
4. 若协商无果，委托律师起草仲裁申请书并提交仲裁机构；
5. 全程配合仲裁程序，及时提交补充证据或回应对方主张。

提示：仲裁具有一裁终局的特点，裁决后对方若不履行可申请强制执行，但需确保仲裁协议有效且证据充分。如有具体协议或证据材料，可进一步向我提供细节，我会协助分析仲裁可行性及策略。