针对您提出的“合作协议不发工资怎么申请仲裁”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您提供一个清晰、详细且具有深度的解答。
一、明确法律关系与证据收集
确认协议性质：
- 首先，您需要仔细审查合作协议的内容，判断该协议是否构成劳动关系。劳动关系通常具有固定工作时间、服从管理、按月支付报酬等特征。如果合作协议中包含了这些要素，那么您可能可以主张按照《劳动法》及相关规定来处理工资纠纷。
- 如果合作协议并不构成劳动关系，而是普通的合同关系，那么您需要按照合同纠纷的处理方式来维权。
收集关键证据：
- 书面材料：保留合作协议的原件、任何补充条款或工资支付约定的文件。
- 工作记录：整理您的考勤记录、任务分配单、工作成果证明（如邮件、项目报告等），这些都能证明您的工作内容和完成情况。
- 沟通凭证：保存您与对方沟通催款的短信、微信聊天记录、通话录音等，这些能证明您讨薪的过程和对方的反应。
二、协商与调解优先
主动沟通：
- 在采取法律行动之前，建议您先尝试与对方进行沟通，明确要求支付工资金额及期限，并保留沟通记录。这有助于明确双方的态度和立场，为后续的调解或仲裁提供基础。
申请调解：
- 如果协商未果，您可以向当地的人民调解委员会或行业调解组织申请调解。调解是一种相对温和且高效的解决纠纷方式，如果达成调解协议，该协议将具有法律效力。
三、法律途径维权
劳动仲裁（若构成劳动关系）：
- 时效要求：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生的争议，不受上述一年时效期间的限制，但劳动关系终止后，应自终止之日起一年内提出。
- 申请材料：您需要提交书面的劳动仲裁申请书，并按被申请人人数提交副本。申请书应载明您与用人单位的基本信息、仲裁请求、事实理由及证据等。
- 仲裁流程：劳动争议仲裁委员会将在收到申请之日起五日内决定是否受理，并通知您。如果受理，仲裁庭将提前五日书面通知双方当事人开庭日期和地点。仲裁庭在处理劳动争议时应先行调解，如调解不成，将及时裁决并制作裁决书送达双方当事人。
- 执行保障：如果仲裁裁决生效后对方不履行，您可以向法院申请强制执行。
民事诉讼（若属普通合同纠纷）：
- 如果合作协议并不构成劳动关系，而是普通的合同关系，那么您需要向法院提起民事诉讼来维权。
- 起诉准备：撰写民事起诉状，列明诉讼请求（如支付工资、违约金等）、事实与理由，并提交相关证据。
- 诉讼流程：法院立案后，您需要参加庭审并举证质证。如果胜诉，法院将判决对方支付工资及可能的违约金等。
刑事报案（极端情况）：
- 在极端情况下，如果对方以转移资产、逃匿等方法逃避支付且数额较大，可能涉嫌拒不支付劳动报酬罪。此时，您可以向公安机关报案，要求追究对方的刑事责任。
四、其他辅助措施
向劳动监察部门投诉：
- 即使合作协议不构成劳动关系，您也可以向当地的人社局劳动监察大队举报对方的违约行为，请求行政介入调查。这有助于推动问题的解决并给对方施加压力。
媒体曝光与网络维权：
- 在合法范围内，您可以通过社交媒体、消费者平台等渠道披露对方的失信行为。但请注意，在曝光过程中要避免侵犯对方的隐私或名誉权。
综上所述，面对合作协议不发工资的情况，您应首先明确法律关系并收集关键证据，然后尝试协商与调解。如果协商调解无果，您可以根据具体情况选择劳动仲裁或民事诉讼等法律途径来维权。同时，您也可以考虑向劳动监察部门投诉或利用媒体曝光等辅助措施来推动问题的解决。希望这些建议能对您有所帮助。