房地产公司基于担保主张代偿款与被告基于购房合同主张违约金，在符合一定条件下可以合并处理。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系角度
基于担保的代偿款主张：这通常涉及房地产公司作为担保人，在债务人（如购房者）未能履行债务时，按照担保合同的约定向债权人（如银行）代为偿还债务。房地产公司代偿后，有权向债务人追偿。
基于购房合同的违约金主张：这涉及购房者与房地产公司之间的购房合同关系。如果购房者违反了购房合同的约定（如未按时支付房款），房地产公司有权按照合同约定要求购房者支付违约金。
合并处理的可能性：虽然这两种主张基于不同的法律关系，但如果它们之间存在事实上的关联，例如，购房者的违约行为导致了房地产公司需要代为偿还债务，那么这两种主张在事实上就产生了联系。在这种情况下，从提高诉讼效率、减少当事人诉累的角度出发，法院可能会考虑将这两种主张合并处理。
二、诉讼程序角度
诉的合并：在民事诉讼中，如果两个或两个以上的诉之间存在事实或法律上的关联，且合并审理有利于查明事实、分清责任、提高诉讼效率，那么法院可以将这些诉合并审理。这被称为诉的合并。
合并审理的条件：要实现诉的合并，需要满足一定的条件，如诉的主体具有同一性或关联性、诉的标的具有牵连性等。在房地产公司基于担保主张代偿款与被告基于购房合同主张违约金的情境中，如果这两种主张涉及相同的当事人或事实上有紧密的联系，那么它们就有可能被合并审理。
三、实际操作建议
梳理事实关系：在考虑是否合并处理时，首先需要梳理清楚房地产公司基于担保主张代偿款与被告基于购房合同主张违约金之间的事实关系。如果它们之间存在明确的因果关系或牵连关系，那么合并处理的可能性就较大。
咨询专业意见：由于合并处理涉及复杂的法律关系和诉讼程序，建议在决定是否合并处理前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况分析合并处理的可行性和利弊，为当事人提供合理的建议。
准备充分证据：如果决定合并处理，那么需要准备充分的证据来支持自己的主张。这包括担保合同、购房合同、代偿凭证、违约事实等证据。只有证据充分、确凿，才能确保合并处理的顺利进行。
总结与建议：房地产公司基于担保主张代偿款与被告基于购房合同主张违约金在符合一定条件下可以合并处理。这主要取决于两种主张之间是否存在事实上的关联以及是否满足诉的合并的条件。在实际操作中，建议梳理清楚事实关系、咨询专业意见并准备充分证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。