商业用房买卖合同中约定商业用地土地使用权期限超过了四十年，该部分约定无效，但不影响合同其他部分的效力。以下是详细分析：
法律法规的明确规定：
- 根据《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十二条，商业用地的最高出让年限为四十年。这是法律法规对商业用地使用权期限的明确规定，任何超出这一期限的约定都是违反法律法规的。
合同部分无效的处理：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。因此，在商业用房买卖合同中，即使土地使用权期限的约定超过了四十年，这一部分约定无效，但并不会导致整个合同无效。合同的其他条款，如房屋价格、交付时间等，仍然具有法律效力。
实际操作的建议：
- 对于已经签订的包含超过四十年土地使用权期限约定的商业用房买卖合同，建议双方协商修改合同，将土地使用权期限调整为符合法律法规规定的四十年以内。
- 如果双方无法协商一致，或者因其他原因导致合同无法修改，那么在合同履行过程中，应特别注意土地使用权期限的问题，避免因期限问题引发纠纷。
我建议，在处理此类合同时，应严格遵守法律法规的规定，确保合同内容的合法性和有效性。同时，对于合同中的无效部分，应及时与对方协商处理，以避免潜在的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。