核心结论：发文单位在清退涉密文件时，应通过正式、安全且符合保密规定的方式告知相关单位或人员，具体方式可根据实际情况选择书面通知、口头通知结合书面确认或通过保密管理系统通知。以下是详细说明：

1. 书面通知：

   • 正式性：书面通知是最为正式和稳妥的方式，能够确保通知内容的准确性和不可否认性。发文单位可以制作正式的清退通知文件，明确列出需要清退的涉密文件名称、编号、清退期限以及清退要求等关键信息。
   • 保密性：在书面通知的传递过程中，应确保通知本身不被泄露。可以采用加密传输、专人送达或机要交通等方式，确保通知在传递过程中的安全性。
   • 签收确认：接收单位或人员在收到书面通知后，应在通知上签收并注明签收日期，以作为清退工作的依据。

2. 口头通知结合书面确认：

   • 口头通知：在紧急情况下或当面沟通更为便捷时，发文单位可以先通过口头方式通知相关单位或人员需要清退的涉密文件信息。
   • 书面确认：口头通知后，发文单位应及时要求接收单位或人员出具书面确认函，确认已收到清退通知并了解清退要求。书面确认函应包含清退文件的详细信息、清退期限以及接收单位或人员的签字或盖章。

3. 通过保密管理系统通知：

   • 系统通知：如果发文单位和接收单位都使用了保密管理系统，那么可以通过系统发送清退通知。这种方式既快捷又安全，能够确保通知的及时性和保密性。
   • 系统记录：保密管理系统应能够记录通知的发送时间、接收时间以及接收单位或人员的确认信息，以便后续查询和审计。

额外建议：

• 在清退涉密文件的过程中，发文单位应密切关注清退进度，确保所有需要清退的文件都能在规定期限内完成清退。
• 如果接收单位或人员未能按时清退文件，发文单位应及时进行催办，并记录催办情况。
• 清退工作完成后，发文单位应进行清退情况的总结和归档，以便后续查阅和管理。

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