针对您提出的“自诉人以故意伤害罪起诉，但实际上只有轻微伤，法院会如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、刑事责任层面

在刑事法律框架内，故意伤害罪通常指的是造成他人身体严重伤害或死亡的行为。对于仅造成轻微伤的情况，一般并不构成故意伤害罪这一需承担刑事责任的犯罪。因此，当自诉人以故意伤害罪提起诉讼，但实际伤害程度仅为轻微伤时，法院通常不会按照刑事犯罪来处理该案件。

二、民事责任层面

尽管轻微伤不构成刑事犯罪，但自诉人（即受害人）仍然有权通过民事诉讼途径来寻求赔偿。具体来说，自诉人可以：

1. 提起民事诉讼：向法院提起民事诉讼，要求加害人（即被告）承担民事赔偿责任。

2. 赔偿范围：赔偿范围通常包括受害人因受伤产生的医疗费、因误工减少的收入（即误工费）、护理人员的费用（即护理费）、交通出行的费用（即交通费），以及住院期间的伙食补助费等合理费用。

3. 证据收集：在提起民事诉讼时，自诉人需要充分收集并整理相关证据，以证明伤害行为是对方故意为之，并且达到了轻微伤的程度。这些证据可能包括医疗记录、证人证言、照片或视频等。

三、治安管理处罚

此外，根据《治安管理处罚法》的相关规定，公安机关有权对造成轻微伤的加害人进行治安处罚。具体处罚措施可能包括：

• 拘留：一般情况下，加害人可能面临五日以上十日以下拘留。
• 罚款：同时，加害人还需缴纳二百元以上五百元以下罚款。如果情节较轻，则可能处五日以下拘留或者五百元以下罚款。

四、和解与撤诉

在诉讼过程中，如果加害人和受害人双方能够就赔偿事宜达成和解协议，受害人也可以选择撤回起诉，从而结束这一纠纷。这通常是一种更为高效和和谐的解决方式。

总结

综上所述，当自诉人以故意伤害罪起诉但实际上只有轻微伤时，法院通常不会按照刑事犯罪来处理该案件。相反，法院会告知自诉人按照民事侵权的途径处理，即提起民事诉讼要求加害人承担民事赔偿责任。同时，公安机关也可能根据《治安管理处罚法》对加害人进行治安处罚。如果双方能够达成和解协议，受害人还可以选择撤回起诉。希望这些信息能够对您有所帮助。