结论前置：
- 信用卡逾期3000元，违约金偿还5万一般是不合法的。
- 若存在特殊情况（如双方有特别约定且该约定不违反法律强制性规定），则可能合法，但需具体分析。
法律分析：
首先，我们需要明确的是，信用卡逾期产生的违约金应当遵循公平、合理的原则，并且不得违反法律的强制性规定。在一般情况下，信用卡逾期的违约金是按照逾期金额的一定比例或者固定金额来计算的，这个比例或金额通常会在信用卡合同中明确约定。
针对您提出的问题，信用卡逾期3000元，而违约金却要求偿还5万，这显然超出了正常违约金的范围。从法律角度来看，这种高额的违约金很可能被视为不公平、不合理的条款，甚至可能构成“霸王条款”，违反了《中华人民共和国民法典》中关于公平、自愿、等价有偿等基本原则。
具体角度分析：
违约金过高：
- 根据相关法律规定，违约金的数额应当与因违约造成的损失相当。如果违约金过高，超出了实际损失的合理范围，那么这部分过高的违约金可能不会被法院支持。
- 在您的情况下，逾期3000元却要求偿还5万违约金，显然超出了合理范围，因此很可能被视为不合法。
合同条款的合法性：
- 信用卡合同中的条款应当符合法律法规的规定，不得违反法律的强制性规定。如果合同中的违约金条款违反了法律，那么该条款可能被视为无效。
- 您需要仔细审查信用卡合同中的违约金条款，看其是否合法、合理。如果发现条款存在问题，可以向银行提出异议，或者寻求法律帮助。
特殊情况下的合法性：
- 虽然一般情况下高额违约金是不合法的，但如果双方在合同中有特别约定，并且该约定不违反法律的强制性规定，那么这种约定可能是合法的。
- 然而，在您的情况下，由于违约金数额过高，且没有提及任何特殊约定或情况，因此这种高额违约金很可能被视为不合法。
建议与后果：
- 如果您认为信用卡逾期的违约金过高或不合法，建议您先与银行进行沟通协商，看是否能够达成一个合理的解决方案。
- 如果协商无果，您可以考虑向相关监管部门投诉或者寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 需要注意的是，如果银行起诉您要求偿还高额违约金，并且法院最终判决支持了银行的诉求，那么您可能需要承担相应的法律责任和后果。因此，在处理此类问题时，建议您谨慎对待并寻求专业法律意见。
计算公式（假设性）：
- 假设违约金是按照逾期金额的一定比例来计算的，那么合理的违约金数额应该是：逾期金额 × 违约金比例。例如，如果违约金比例是5%，那么逾期3000元的违约金应该是：3000 × 5% = 150元。显然，这与您提到的5万违约金相差甚远。
总结：
信用卡逾期3000元而违约金偿还5万一般是不合法的。如果您遇到此类问题，建议您先与银行沟通协商，并仔细审查信用卡合同中的条款。如有需要，可以寻求专业法律帮助来维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。