针对您提出的“招标文件合同范本中的付款办法是否有效”的问题，这主要取决于招标文件对付款方式的具体规定以及投标文件对此的响应情况。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，付款方式在招标文件中若被明确列为实质性要求（例如，招标文件注明“付款条款为不可偏离项，任何修改将导致废标”），那么投标文件必须严格响应这一要求。如果投标文件中的付款方式与招标文件存在实质性偏差，评标委员会将有权否决该投标文件。这是因为实质性要求通常涉及合同的核心权利义务，如付款周期、比例、条件等，这些条款的变动可能直接影响合同的履行和双方的权益。

其次，如果招标文件未将付款方式明确列为实质性要求，那么投标文件中的付款方式即使与招标文件存在一定差异，也不一定会导致否决投标。在这种情况下，评标委员会可能会根据项目的具体情况和特点，结合招标文件的其他要求，对投标文件进行综合评审。如果付款方式的差异不影响合同的实质性履行，且不损害招标人的利益，评标委员会可能会接受该投标文件。

此外，评标委员会在评审过程中拥有一定的裁量权。他们需要根据招标文件的规定，判断未响应付款方式是否实质影响合同履行或公平性。如果评标委员会认为未响应付款方式构成了实质性偏差，且这种偏差可能影响合同的履行或损害招标人的利益，那么他们有权否决该投标文件。在否决投标时，评标委员会应当书面说明具体条款及偏差内容，以确保评审过程的公正性和透明度。

最后，从法律角度来看，《中华人民共和国招标投标法实施条例》等相关法律法规明确规定，投标文件应当对招标文件的实质性要求和条件作出响应。如果投标文件未能实质上响应招标文件的要求，评标委员会应当予以否决。因此，在参与招标活动时，投标人应当仔细阅读招标文件，确保投标文件中的付款方式等核心条款与招标文件保持一致。

综上所述，招标文件合同范本中的付款办法是否有效，主要取决于招标文件对付款方式的具体规定以及投标文件对此的响应情况。如果招标文件将付款方式列为实质性要求，投标文件必须严格响应；如果未列为实质性要求，评标委员会将根据项目情况综合评审。在参与招标活动时，投标人应当确保投标文件符合招标文件的要求，以避免因付款方式等问题而被否决投标。