在合同纠纷中，针对擅自变更项目负责人并要求分包单位支付违约金的情况，选择提反诉还是抗辩，需根据具体案情和合同条款来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、提反诉的情况
合同中有明确约定：
- 如果合同中明确规定了项目负责人变更的违约责任，包括违约金的数额或计算方式，且分包单位确实存在擅自变更项目负责人的行为，那么总包单位（或发包方）可以选择提起反诉，要求分包单位支付违约金。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。如果合同中有此约定，且分包单位违约，则总包单位有权要求其支付违约金。
反诉的独立性：
- 反诉是一个独立的诉讼请求，它不受本诉（即原告诉讼请求）的影响。如果总包单位认为分包单位的违约行为给自己造成了损失，且希望通过法律途径获得赔偿，那么提起反诉是一个有效的选择。
二、抗辩的情况
合同中无明确约定或约定不明确：
- 如果合同中没有明确规定项目负责人变更的违约责任，或者约定不明确，那么总包单位可能难以直接通过反诉要求分包单位支付违约金。此时，总包单位可以选择在诉讼中进行抗辩，主张分包单位的行为构成违约，但要求法院根据实际情况酌情判决或驳回分包单位的诉讼请求。
- 法律依据：在合同约定不明确的情况下，法院可能会根据《民法典》中关于合同履行、违约责任等的一般规定进行裁判。
抗辩的灵活性：
- 抗辩是被告针对原告的诉讼请求而提出的反驳或防御。在诉讼中，总包单位可以通过抗辩来主张自己的权利，如要求分包单位继续履行合同、采取补救措施等，而不一定非要要求支付违约金。
三、综合建议
审查合同条款：
- 首先，总包单位应仔细审查合同条款，特别是关于项目负责人变更和违约责任的部分。如果合同中有明确约定，且分包单位确实存在违约行为，那么提起反诉是一个合理的选择。
评估损失和证据：
- 其次，总包单位应评估因分包单位违约行为给自己造成的损失，并收集相关证据。这些证据将有助于支持总包单位的反诉或抗辩请求。
咨询专业律师：
- 最后，由于合同纠纷涉及复杂的法律问题和证据收集，总包单位在决定提反诉还是抗辩前，应咨询专业律师的意见。律师可以根据具体案情和合同条款，为总包单位提供专业的法律建议和诉讼策略。
在实际操作中，如果总包单位对法律程序不熟悉或担心诉讼风险，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律指导和诉讼策略。