请假通常是扣基本工资，而非周末加班费。以下是对此问题的详细分析：
一、请假扣工资的基本原则
工作日与休息日的区分：
- 根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月工资是劳动者在常规工作时间内劳动应得的报酬，按每月应计薪酬天数（21.75天）折算为日工资。请假时间通常仅计算工作日，周六、周日等休息日不计入请假天数，因此也不计入工资扣除范畴。
基本工资的扣除：
- 当员工请假时，用人单位通常会根据请假天数扣除相应的工作日工资。这部分工资通常是从员工的基本工资中扣除的，因为基本工资是员工在常规工作时间内应得的固定报酬。
二、周末加班费与请假的关系
周末加班费的性质：
- 周末加班费是员工在休息日加班时，用人单位按照法律规定支付的额外报酬。这部分报酬与员工的基本工资是分开的，属于加班工资的范畴。
请假不扣除周末加班费：
- 由于周末加班费是员工在休息日加班时获得的额外报酬，与请假无关。因此，当员工请假时，用人单位不会扣除其周末加班费。
三、特殊情况说明
请假期间的工资支付：
- 如果员工在请假期间仍然享受了用人单位提供的某些福利或津贴（如交通补贴、餐补等），这些福利或津贴的支付情况可能因用人单位的政策而异。但一般来说，这些福利或津贴与基本工资和加班费是分开的，不会因请假而直接扣除。
病假工资的计算：
- 如果员工因病请假，其病假工资的计算可能根据连续工作年限来确定。例如，连续工龄不满2年按60%计算病假工资；二至四年按70%计算；以此类推。但需要注意的是，这部分计算的是病假期间的工资支付比例，而非直接扣除周末加班费。
四、法律建议
了解用人单位的政策：
- 不同的用人单位可能有不同的请假和工资支付政策。因此，员工在请假前最好了解清楚用人单位的相关规定，以免产生不必要的纠纷。
保留相关证据：
- 如果员工与用人单位在请假和工资支付方面产生纠纷，建议员工保留好相关证据（如请假条、工资单等），以便在需要时维护自己的合法权益。
及时咨询专业律师：
- 如果员工对请假和工资支付方面的法律规定有疑问或需要进一步的法律帮助，可以及时咨询专业律师。作为专注于工伤赔偿、刑事辩护领域的律师，我可以为你提供专业的法律咨询和帮助。
综上所述，请假通常是扣基本工资而非周末加班费。员工在请假前应了解清楚用人单位的相关规定，并保留好相关证据以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。