在医疗损害责任纠纷案中，进行死亡推定是否合法，需结合具体案情和法律规定来综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、死亡推定的法律基础
在医疗损害责任纠纷中，若患者因医疗行为死亡，且无法通过直接证据确定死亡原因或医疗行为与死亡之间的因果关系时，法院可能会依据相关证据和法律规定，进行死亡推定。这种推定并非随意作出，而是基于一定的法律逻辑和证据规则。例如，根据《民法典》及相关司法解释，若医疗机构不能证明其医疗行为与患者死亡之间不存在因果关系，且没有其他合理解释，法院可能会推定医疗行为与患者死亡之间存在因果关系。但这并不意味着所有医疗损害责任纠纷案都可以直接进行死亡推定，而是需要具体案件具体分析。
二、死亡推定的合法条件
证据不足：当直接证据无法证明医疗行为与患者死亡之间的因果关系时，法院可能会考虑进行死亡推定。但这种推定必须建立在充分、合理的间接证据基础之上。
医疗机构责任：若医疗机构在诊疗过程中存在过错，且该过错与患者死亡之间存在可能的因果关系，法院在无法直接证明的情况下，可能会推定医疗机构承担相应责任。但这种推定并非绝对，医疗机构仍有机会通过反证来推翻。
公平原则：在医疗损害责任纠纷中，法院会遵循公平原则，平衡患者与医疗机构之间的利益。若患者因医疗行为死亡，且无法获得直接证据证明医疗机构的责任，法院可能会考虑进行死亡推定，以保障患者的合法权益。但这种推定必须严格遵循法律规定和证据规则。
三、死亡推定的限制与风险
推定并非确定：死亡推定只是一种法律上的假设，并非确定的事实。医疗机构有权通过反证来推翻这种推定，从而免除或减轻其责任。
证据要求严格：进行死亡推定必须建立在充分、合理的证据基础之上。若证据不足或存在瑕疵，法院可能会拒绝进行死亡推定，或者推定结果被后续证据所推翻。
法律后果严重：若法院进行了死亡推定，并认定医疗机构承担相应责任，医疗机构将面临严重的法律后果，包括赔偿损失、承担行政责任等。因此，医疗机构在面对死亡推定时，应积极收集证据，进行反证。
四、实际操作中的建议
收集证据：无论是患者方还是医疗机构方，都应积极收集与案件相关的证据，包括病历资料、诊疗记录、专家意见等。这些证据将有助于法院更准确地判断医疗行为与患者死亡之间的因果关系。
咨询专业律师：在医疗损害责任纠纷案中，涉及的法律问题复杂且专业。因此，建议当事人咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。
遵循法律程序：在诉讼过程中，当事人应严格遵循法律程序，按时提交证据、参加庭审等。这将有助于法院更公正、高效地处理案件。
如果您在医疗损害责任纠纷案中遇到死亡推定的问题，或者有任何其他法律疑问，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律意见。