协议中约定收到货款后再撤诉是有效的，但这一约定的有效性及后续操作需结合具体情况从多个角度进行分析：

一、协议的有效性

1. 意思表示真实：

   • 双方在签订协议时，必须确保意思表示真实，即双方均明确知晓并同意协议中的条款，包括收到货款后再撤诉的约定。
   • 若存在欺诈、胁迫等情形，导致一方意思表示不真实，则协议可能被认定为无效或可撤销。

2. 不违反法律、行政法规的强制性规定：

   • 协议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 例如，若协议中约定撤诉后对方需支付非法利益，则该约定因违法而无效。

3. 不违背公序良俗：

   • 协议内容不得违背公序良俗，即不得违反社会公共利益和道德准则。

二、撤诉的法律规定及操作

1. 撤诉的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告在宣判前可以申请撤诉。
   • 法院在审查撤诉申请时，会考虑撤诉是否出于原告的真实意愿，以及撤诉是否会损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。

2. 收到货款后撤诉的操作：

   • 双方在协议中约定收到货款后再撤诉，意味着在货款到账前，原告不会主动撤诉。
   • 一旦货款到账，原告应按照协议约定向法院提交撤诉申请。
   • 法院在收到撤诉申请后，会进行审查并作出是否准许撤诉的裁定。

三、可能存在的风险及建议

1. 货款支付风险：

   • 若对方未按约定支付货款，原告可能无法按协议撤诉，导致诉讼继续进行。
   • 建议：在协议中明确货款支付的时间、方式及违约责任，以确保对方按时支付货款。

2. 撤诉后的权利保障：

   • 撤诉后，原告可能失去通过诉讼途径解决纠纷的机会。
   • 建议：在撤诉前，确保双方已就纠纷解决达成一致意见，并签订书面协议以保障自身权益。

3. 法院审查风险：

   • 法院在审查撤诉申请时，可能因各种原因（如认为撤诉会损害他人合法权益）而不准许撤诉。
   • 建议：在提交撤诉申请前，与法院沟通并了解撤诉的可能性和风险。

四、实际操作中的注意事项

1. 协议签订：

   • 双方应签订书面协议，明确约定货款支付时间、方式、撤诉条件及违约责任等条款。
   • 协议应由双方签字或盖章确认，以确保其法律效力。

2. 货款支付：

   • 对方应按照协议约定及时支付货款。
   • 原告在收到货款后，应及时向法院提交撤诉申请。

3. 与法院沟通：

   • 在提交撤诉申请前，建议与法院沟通并了解撤诉的具体流程和要求。
   • 在撤诉过程中，保持与法院的沟通联系，以确保撤诉申请的顺利处理。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。