生病短时间请病假扣工资是否违法，需分情况判断：
员工依法请病假并提供了合法有效的病假证明
- 此时公司扣除工资是违法的。依据相关法律，劳动者在患病或非因工负伤治疗期间，且在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费。这个费用可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的80%。例如，如果当地月最低工资标准是2000元，那么病假期间支付的工资只要不低于1600元就是合法的。如果公司不支付病假工资，或者支付的工资低于这个标准，就属于违法行为。
员工未按公司请假制度请假，没有提供病假证明等相关材料
- 在这种情况下，公司按旷工处理并扣工资，一般是不违法的。公司有制定和执行自身规章制度的权利，前提是该制度合法合规、经过民主程序制定且已向员工公示。如果员工没有按照公司的规定流程请假，也没有提供必要的病假证明，公司有权按照旷工来处理，并相应地扣除工资。
额外建议与法律背景：
- 医疗期长度：医疗期的长度与员工的工作年限有关，工作年限越长，医疗期越长。在医疗期内，员工应享受相应的权益，包括获得病假工资。
- 维权途径：如果员工遇到生病请假被不合理扣工资的情况，可以先与公司协商解决。如果协商不成，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
可能遇到的法律后果：
- 如果公司违法扣除病假工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付拖欠的工资，并可能要求支付额外的赔偿金。
- 员工也有权通过法律途径追究公司的责任，要求公司支付应得的病假工资，并可能获得相应的经济补偿。
生病短时间请病假扣工资是否违法，关键在于员工是否依法请病假并提供了合法有效的病假证明，以及公司是否按照法律规定支付了病假工资。如果有任何疑问或遇到不合理的情况，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。