关于小偷和超市私了后协议一般由谁保管的问题，这主要取决于双方协商的结果，并无固定的法律要求。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协议保管的常规做法：

   • 在私了的情况下，双方通常会签订一份书面协议，以明确各自的权利和义务。这份协议的保管，往往取决于双方的协商和信任程度。
   • 一般来说，协议可以由任何一方保管，或者双方各执一份。如果双方都信任对方，可能会选择将协议交给其中一方保管；如果双方希望各自保留一份作为证据，那么就会各自保管一份。

2. 从法律证据的角度考虑：

   • 协议作为双方私了的证据，对于后续可能出现的纠纷具有重要作用。因此，从法律证据的角度来看，双方都应该妥善保管协议。
   • 如果协议丢失或损坏，可能会导致在后续纠纷中无法提供有效的证据，从而影响自己的权益。

3. 从实际操作的角度考虑：

   • 在实际操作中，如果超市希望确保协议的安全和完整性，可能会选择自己保管协议，并可能要求小偷在协议上签字确认后留存一份复印件或扫描件。
   • 另一方面，如果小偷希望保留一份协议作为自己已经履行义务的证据，也可能会要求超市提供一份协议的复印件或自己留存一份原件。

4. 法律建议：

   • 无论协议由谁保管，双方都应该确保协议的内容清晰、明确，并且双方都已经签字确认。
   • 如果可能的话，双方可以各自保留一份协议的原件或复印件，以备不时之需。
   • 在签订协议时，双方也可以考虑邀请第三方（如律师或公证人）作为见证人，以增加协议的法律效力和可信度。

总结来看，小偷和超市私了后的协议保管问题并无固定的法律要求，而是取决于双方的协商和信任程度。从法律证据和实际操作的角度来看，双方都应该妥善保管协议，并可以考虑各自保留一份原件或复印件。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。