在弹性工作制下判断员工是否旷工，确实是一个需要细致考量的问题。弹性工作制本身给予了员工更多的工作自主性和灵活性，但同时也对用人单位如何合理、公正地判断员工是否旷工提出了更高的要求。

首先，我们要明确的是，弹性工作制并不意味着员工可以随意缺勤或不提供劳动。判断员工是否旷工，不能单纯以是否打卡上班作为唯一依据。这是因为，在弹性工作制下，员工可能通过远程办公、在线协作等方式为公司提供劳动，而这些方式可能并不涉及传统的打卡行为。

那么，如何判断弹性工作制下的员工是否旷工呢？我认为，可以从以下几个方面进行综合考量：

1. 员工是否提供了劳动：

   • 这是判断员工是否旷工的核心标准。无论员工是否打卡，只要他们能够证明自己在规定的时间内为公司提供了劳动（如完成工作任务、参与会议、提交工作报告等），就不应被认定为旷工。
   • 在实际操作中，可以通过查看员工的工作记录、任务完成情况、与同事或上级的沟通记录等来验证员工是否提供了劳动。

2. 员工缺勤是否有正当理由：

   • 如果员工因生病、家庭紧急事务等合理原因缺勤，并且能够提供相应的证明（如医疗证明、家庭紧急事务说明等），则不应被认定为旷工。
   • 用人单位在判断员工缺勤是否有正当理由时，应保持公正和客观，避免对员工进行不合理的指责或处罚。

3. 员工是否未经同意擅自休假：

   • 在弹性工作制下，员工虽然享有更多的工作自主性，但并不意味着他们可以未经用人单位同意就擅自休假。
   • 如果员工未经批准就擅自休假，并且这种休假行为影响了公司的正常运营或工作任务的完成，那么这种行为就可能构成旷工。

4. 用人单位的规章制度和考勤制度：

   • 用人单位在制定和执行相关规章制度和考勤制度时，应充分考虑弹性工作制的特点和要求，确保制度的合理性和公正性。
   • 同时，用人单位也应加强对员工的培训和指导，让员工明确了解公司的规章制度和考勤制度，以及旷工行为的后果和处罚措施。

以您提供的案例为例，甲作为公司高管与营销人员，实行弹性工作制，无需按时打卡上班。在甲被赋黄码需居家隔离期间，他依然在为公司工作，并向公司常务副总经理及相关领导汇报工作并接受相应工作安排。这种情况下，甲虽然未到公司打卡上班，但他提供了劳动，并且缺勤有正当理由（居家隔离），因此不应被认定为旷工。

综上所述，在弹性工作制下判断员工是否旷工，需要综合考虑员工是否提供了劳动、缺勤是否有正当理由、是否未经同意擅自休假以及用人单位的规章制度和考勤制度等因素。只有这样，才能确保判断的公正性和合理性，维护用人单位和员工的合法权益。