国企违规超编制人员的处理应依据相关机构编制管理规定进行严肃处理，包括责令限期纠正、通报批评、直接纠正等措施，并对相关责任人进行问责。

一. 案情分析

国企违规超编制人员，即国有企业违反机构编制管理规定，超出核定的编制限额录用、调任或转任人员。这种行为不仅违反了机构编制管理的严肃性和权威性，还可能对国企的运营效率、财政负担以及人员管理等方面产生负面影响。

二. 处理依据

根据《机构编制违规违纪违法行为处理和问责规则（试行）》的相关规定，对机构编制违规违纪违法行为，包括违规超编录（聘）用人员，机构编制委员会办公室应当采取以下处理措施：

1. 责令限期纠正：对有违规超编制录用、调任或转任人员的国企，机构编制委员会办公室应当书面责令其限期纠正，并明确具体的整改要求和整改期限。整改期限一般不超过3个月，违规单位应当在期限内将整改情况书面报机构编制委员会办公室备案。

2. 通报批评：对有典型性、普遍性的机构编制违规违纪违法行为，包括违规超编制人员问题，机构编制委员会办公室报同级机构编制委员会同意后，可以在一定范围内通报批评。

3. 直接纠正：对拒不落实责令限期纠正要求的违规单位，或者经调查认为必要时，机构编制委员会办公室报同级机构编制委员会同意后，可以直接予以纠正。

三. 对相关责任人的问责

根据《机构编制违规违纪违法行为处理和问责规则（试行）》第十六条的规定，对违规单位存在违反机构编制管理规定，造成严重不良后果的，或者有整改不力、拒不整改等情形的，有管理权限的机构编制委员会办公室应当对负有责任的党组织和党的领导干部进行问责。问责方式包括检查、通报、诫勉等，对于失职失责危害严重的，还可以给予组织调整或者组织处理、党纪政务处分，涉嫌违法犯罪的，依法追究刑事责任。

四. 实际案例的参考

• 案例一：某县在乡镇机构改革后，机关、事业单位都已处于满编状态，但县长仍主持召开会议决定向乡镇调入超编人员，导致分流人员反弹并上访。后经查实，该县长存在受贿行为。对此，不仅对该县长进行了党纪政务处分，还对相关超编人员进行了清退处理。
• 案例二：某省建设厅城乡规划处处长调任下属事业单位院长后，未按规定办理人事关系变动手续，继续领取原单位工资和待遇，同时在新单位也领取报酬，构成“吃空饷”。对此，相关部门不仅追缴了其多领取的工资和福利，还对其进行了党纪责任追究。

我的建议：

1. 立即整改：国企应立即对违规超编制人员进行清理，确保人员编制符合规定要求。
2. 完善制度：建立健全机构编制管理制度，明确编制核定、人员录用、调任、转任等流程和要求，防止类似问题再次发生。
3. 加强监督：加强对国企机构编制管理的监督检查力度，及时发现和纠正违规行为。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。