公安机关办理行政伤害案件超过90天，并不直接导致案件无效或必然产生特定的法律后果，但可能涉及程序合法性、证据效力及当事人权利保障等问题。以下从不同角度对此进行详细分析：
一、程序合法性角度
法定办案期限：
- 公安机关办理行政案件，通常应遵循法定的办案期限。然而，对于行政伤害案件的具体办案期限，法律可能并未明确规定为90天，而是根据案件的复杂程度、调查取证的需要等因素来确定。
- 若相关法律法规或规章对特定类型的行政伤害案件规定了具体的办案期限，且公安机关超过了该期限，则可能构成程序违法。
程序违法的后果：
- 程序违法并不必然导致案件处理结果无效，但可能影响案件的公正性和合法性。
- 在行政诉讼中，若当事人主张公安机关办案超期构成程序违法，法院可能根据具体情况判断该程序瑕疵是否对当事人的权利产生了实际影响，进而决定是否撤销或变更原行政行为。
二、证据效力角度
证据收集的时效性：
- 随着时间的推移，某些证据可能因灭失、变质或难以获取而失去证明力。
- 公安机关若长时间未处理案件，可能导致关键证据的丢失或无法获取，进而影响案件的公正处理。
证据效力的认定：
- 在行政诉讼中，法院会对证据的合法性、真实性和关联性进行审查。
- 若公安机关因超期办案导致证据效力受损，法院可能不予采信相关证据，从而影响案件的处理结果。
三、当事人权利保障角度
当事人知情权：
- 公安机关在办案过程中，应及时告知当事人案件进展情况、权利义务等。
- 若公安机关长时间未处理案件且未告知当事人相关情况，可能侵犯当事人的知情权。
当事人申诉权：
- 当事人对公安机关的办案行为有异议的，有权依法提出申诉或申请行政复议。
- 若公安机关超期办案且未给予当事人合理的申诉或复议机会，可能损害当事人的申诉权。
四、法律建议
对于公安机关：
- 应严格遵守法定办案期限，确保案件及时、公正处理。
- 若因特殊原因需要延长办案期限的，应及时履行相关审批手续并告知当事人。
对于当事人：
- 若认为公安机关办案超期且侵犯了自身合法权益的，可以依法提出申诉、申请行政复议或提起行政诉讼。
- 在申诉、复议或诉讼过程中，应提供充分证据证明公安机关的办案行为存在违法或不当之处。
具体案例中，若公安机关办理行政伤害案件确实超过了法定或合理的办案期限，且该超期行为对当事人的权利产生了实际影响，那么当事人有权依法寻求救济。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。