案件超过90天未结案，具体后果需结合案件类型、审理程序及司法管辖区的规定综合判断，但通常可能涉及以下情形：

1. 普通程序案件（如民事一审）
   根据《民事诉讼法》第152条，适用普通程序审理的案件，法院应在立案之日起6个月内审结。若超过90天未结案，可能因案情复杂、证据调取困难、当事人申请延期等原因导致审理周期延长，但仍在法定审限内，不构成程序违法。此时当事人可催告法院加快审理，但无法直接主张程序错误。

2. 简易程序案件（如小额诉讼）
   若案件本应适用简易程序（审限3个月），但超过90天未结案，可能因法院未及时转换程序或当事人提出异议导致程序瑕疵。此时当事人可向法院申请转为普通程序，或以“超期未审结”为由提出程序违法抗辩，但需结合具体案情判断是否影响实体判决。

3. 刑事案件
   根据《刑事诉讼法》第208条，刑事案件一审审限通常为2-3个月（特殊情况可延长）。若超过90天未结案，可能因补充侦查、鉴定、当事人申请回避等法定事由导致审限中断或延长。此时不直接导致案件无效，但若法院未依法办理审限延长手续，可能构成程序违法，当事人可向上级法院或检察院提出监督申请。

4. 行政案件
   行政诉讼一审审限为6个月，若超过90天未结案，通常属于正常审理范围，但若法院未依法说明理由或未办理审限延长手续，当事人可依据《行政诉讼法》第88条，以“违反法定程序”为由申请再审或提出上诉。

温馨提示：

• 若案件涉及重大社会影响、当事人权益迫切（如劳动争议、人身损害赔偿），可向法院提交《加快审理申请书》，说明理由并要求优先处理。
  
• 若发现法院存在故意拖延、超期未审且无合法理由，可向上级法院立案庭或同级检察院民事行政检察部门反映情况，启动监督程序。
  

如有具体案件类型或细节需进一步分析，可直接向我说明，我会结合案情为您详细解答。