在执行案件中，若双方达成和解，法院已扣除的执行款通常有以下几种处理方式，具体需结合和解协议内容及案件实际情况判断：

1. 和解协议明确约定执行款处理方式
若双方在和解协议中明确约定了法院已扣除执行款的归属（如返还被执行人、折抵后续履行义务、支付给申请执行人等），法院将根据协议内容直接处理。

• 示例：若协议约定“被执行人支付50万元后，法院已冻结的30万元直接解冻返还”，则法院会按此操作。
  
• 关键点：协议需合法有效，且不违反法律强制性规定（如不得损害第三方利益）。

2. 和解协议未明确约定，但执行程序已终结
若和解协议未涉及执行款处理，且执行程序因和解而终结（法院裁定“终结执行”），则已扣除的执行款通常按以下规则处理：

• 申请执行人领取：若执行款属于申请执行人应得款项（如本金、利息、违约金等），法院会将款项发放给申请执行人。
  
• 退还被执行人：若执行款超出申请执行人应得范围（如超额冻结），被执行人可申请法院退还多余部分。
  
• 关键点：需提交书面申请，并附上和解协议、执行款明细等证据。

3. 和解协议履行后，执行款作为部分履行
若和解协议约定被执行人分期履行，且法院已扣除的执行款作为首期履行款，则：

• 抵扣义务：执行款直接抵扣被执行人应履行的债务，剩余债务按协议继续履行。
  
• 示例：若被执行人欠付100万元，法院已扣50万元，和解协议约定“被执行人再付30万元后债务结清”，则50万元直接抵扣，被执行人需再付30万元。
  
• 关键点：需确保和解协议明确约定履行顺序及金额，避免后续争议。

4. 和解协议未履行，法院恢复执行
若被执行人未按和解协议履行义务，申请执行人可申请法院恢复原生效法律文书的执行，此时：

• 已扣除执行款的处理：若执行款已发放给申请执行人，通常不予退还；若未发放，法院可能继续扣留或采取其他执行措施。
  
• 关键点：恢复执行需在法定期限内提出（通常为和解协议约定履行期限届满后2年内）。

行动建议：

1. 核对和解协议：确认协议中是否约定执行款处理方式，如有约定，按协议执行。
   
2. 联系执行法院：若协议未约定或约定不明，及时与执行法官沟通，提交书面申请及证据。
   
3. 保留证据：保存和解协议、执行款扣划凭证、沟通记录等，以备后续争议。
   

若仍有疑问，可直接向我提问，我会结合具体案情进一步分析。