员工逾期上班（即迟到），单位是否有权扣除工资，主要取决于单位的规章制度是否合法合规、员工迟到是否给单位造成经济损失以及迟到的具体原因。以下是对这一问题的详细分析：
一、劳动法的基本规定
根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求其赔偿，但赔偿额需合理，通常不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
二、用人单位规章制度的合法性与合理性
- 制定程序：规章制度需经全体职工讨论，有工会和职工代表参与，内容需合法并经过公示。若规章制度未满足这些条件，则对劳动者不具有约束力，单位无权据此扣工资。
- 内容要求：规章制度中关于迟到扣工资的规定应合理且明确，不能过分高于实际损失或显失公平。例如，迟到一分钟扣一天工资的规定显然是不合理的。
三、具体扣工资情况分析
合法扣工资的情况：
- 员工迟到且给单位造成了实际经济损失，单位可要求赔偿，但需承担举证责任。例如，因员工迟到导致客户流失或订单取消，单位可要求员工赔偿相应损失。
- 规章制度合法合规，明确规定了迟到扣工资的标准，且该标准合理。例如，规章制度中规定迟到一次扣一定比例的工资，且该比例在合理范围内。
无权扣工资的情况：
- 规章制度内容不合法或不合理，如迟到一分钟扣一天工资等。
- 规章制度制定程序不合法，未经过民主程序或未公示告知劳动者。
- 员工迟到由不可抗力等特殊原因导致，并已及时向单位说明情况并提供证明。例如，因交通堵塞、突发疾病等不可抗力因素导致迟到，且员工已及时向单位说明情况。
四、法律建议与风险提示
对于用人单位：
- 确保规章制度合法合规，制定程序和内容均符合法律要求。
- 扣工资行为有理有据，要么基于实际经济损失，要么基于合法合理的规章制度。
- 避免滥用扣工资权力，以免引发不必要的劳动纠纷和法律风险。
对于劳动者：
- 了解自身权益，对于不合理的扣工资行为，可通过劳动仲裁等方式进行维权。
- 保留相关证据，如迟到记录、单位扣工资的通知等，以便在维权时提供证明。
总结来说，单位是否有权因员工逾期上班而扣除工资，并非一概而论。它取决于多个因素，包括规章制度的合法性与合理性、员工迟到是否造成经济损失以及迟到的具体原因。若您在此方面遇到问题或有任何疑问，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。