关于单位对迟到员工进行罚款的合法性问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合分析。

一、一般原则：单位无直接罚款权

首先，需要明确的是，自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，国家层面的法律并未明确赋予用人单位对员工进行直接罚款的权力。根据《中华人民共和国立法法》和《中华人民共和国行政处罚法》，对财产的处罚应由法律、法规和规章设定，用人单位通常无权在规章制度中自行设定罚款条款。

二、特殊情形下的合法性

然而，在特定情形下，单位对迟到员工采取的经济措施可能被认定为合法。这主要包括两种情况：

1. 与绩效工资关联：如果用人单位依法制定的规章制度明确规定，迟到会影响员工的绩效考核，进而影响绩效工资的发放，且该规定不违反法律法规，那么这种做法通常被认定为合法。因为绩效工资与员工的表现直接相关，用人单位有权根据员工的表现进行考核和调整。

2. 因迟到造成经济损失的赔偿：如果员工迟到行为直接给用人单位造成了经济损失，并且双方劳动合同中有相关赔偿约定，那么用人单位可以要求员工按约定进行赔偿。但需要注意的是，赔偿金额需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

三、员工权益保护

如果劳动者认为单位的罚款行为不合法，首先应尝试与单位进行协商解决。如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

四、合同与员工手册的规定

此外，还需要考虑员工手册或劳动合同中的相关规定。如果这些文件中明确规定了迟到罚款的条款，并且这些条款不违反法律法规（如罚款金额合理、未违反最低工资标准等），那么单位有权按照这些规定执行。但如果这些规定未提前告知员工、罚款过高或不合理、甚至违反了相关法律法规，那么员工有权向劳动监察部门投诉或采取法律途径解决争议。

五、总结与建议

综上所述，单位对迟到员工进行罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。建议用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并充分保障员工的合法权益。同时，员工在面临此类问题时也应了解自己的法律权益，并通过合法途径维护自身利益。如果遇到不合法或不合理的罚款行为，员工有权依法进行维权。