结论前置：在员工不配合补缴且声称公司申报个税有问题、拒绝打印个税证明的情况下，公司一般不能直接起诉员工要求其配合，但可以通过内部沟通、发送书面通知、向税务机关反映等途径解决，若因员工不配合给公司造成损失，公司可考虑通过法律途径主张赔偿。以下是具体分析：

1. 关于起诉的合法性及前提

   • 从法律程序上来说，起诉需要有明确的诉讼请求、事实和理由，并且要符合起诉的条件。在员工不配合补缴且拒绝打印个税证明这一情境中，公司直接起诉员工要求其配合打印个税证明，可能缺乏明确的法律依据和直接的请求权基础。因为员工配合打印个税证明并非一种可以直接通过诉讼强制履行的法律义务，除非在劳动合同或者公司规章制度中有明确约定员工有此项配合义务，且该约定不违反法律法规的强制性规定。
   • 如果公司认为员工的行为违反了劳动合同或者公司规章制度，给公司造成了损失，公司可以以员工违约为由，起诉员工要求其赔偿损失。但此时需要证明员工的行为与损失之间存在因果关系，并且要能够准确计算损失的金额。

2. 建议的解决途径

   • 内部沟通与协商：公司可以先与员工进行沟通，了解其不配合的具体原因。如果员工认为公司申报个税有问题，公司可以提供相关的税务申报资料和解释，消除员工的疑虑。通过友好的协商，争取员工主动配合打印个税证明。
   • 发送书面通知：如果沟通无果，公司可以向员工发送书面通知，明确要求其配合打印个税证明，并告知不配合的后果。书面通知可以作为后续处理的证据，同时也给员工一个明确的警示。
   • 向税务机关反映：如果员工的不配合行为影响了公司的税务申报和缴纳工作，公司可以向当地税务机关反映情况。税务机关可以根据相关规定，对员工进行教育和督促，要求其配合公司的税务工作。
   • 依据规章制度处理：如果公司有完善的规章制度，并且该规章制度经过了民主程序制定和公示，对于员工不配合工作的行为，公司可以按照规章制度的规定进行处理，如给予警告、罚款等处罚。但要注意处罚的合理性和合法性，避免过度处罚引发劳动争议。
   • 主张损失赔偿：如果员工的不配合行为给公司造成了实际的经济损失，如导致公司无法及时完成税务申报而被税务机关处罚等，公司可以收集相关证据，通过法律途径起诉员工，要求其赔偿损失。

后续建议：在处理此类问题时，公司要注意保留相关的证据，如沟通记录、书面通知、税务申报资料等。同时，要遵循法律法规和公司规章制度的规定，确保处理方式的合法性和合理性。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，可以直接向我咨询。