食品生产企业使用转基因油本身并不违法，但关键在于是否进行了显著标示以保障消费者的知情权。以下从不同角度为您详细分析：
合法性角度：
- 根据我国相关法律法规，使用正规渠道购进的转基因食材从事食品生产经营活动并不违法。目前，我国市场上的转基因农产品主要包括大豆油、油菜籽油、玉米油等，食品生产企业使用这些转基因油作为原料是合法的。
标示义务角度：
- 虽然使用转基因油不违法，但食品生产企业有义务对转基因食品进行显著标示。根据《中华人民共和国食品安全法》第六十九条规定，生产经营转基因食品应当显著标示，这包括生产和销售转基因食品、以转基因食品为原辅料生产的食品，以及在制售中使用上述转基因食材。
- 如果食品生产企业未对转基因食品进行显著标示，就损害了消费者的知情权，同时也违反了《中华人民共和国食品安全法》的规定。此时，监管部门可以没收违法所得，并对货值金额不足一万元的，处以五千元以上五万元以下的罚款。
实际操作角度：
- 在餐饮服务环节，如果购进使用转基因食用农产品、转基因食用农产品加工品或含有转基因成份的食品作为食品加工原料，应当在就餐场所显著位置对上述食品或原料予以公示。
- 对于生产转基因食品或以转基因食品为原辅料生产食品的情况，应标注“转基因XX”、“转基因XX加工品”或“加工原料为转基因XX”，以明确告知消费者。
法律建议：
- 食品生产企业在使用转基因油时，应确保从正规渠道购进，并保留好相关购进凭证。
- 同时，企业应严格遵守《中华人民共和国食品安全法》关于转基因食品标示的规定，对转基因食品进行显著标示，以保障消费者的知情权。
- 如果企业不确定如何正确标示转基因食品，可以咨询当地的市场监管部门或专业的法律机构，以确保合规经营。
可能后果：
- 如果食品生产企业未对转基因食品进行显著标示，将面临监管部门的处罚，包括没收违法所得和罚款等。
- 此外，未标示转基因食品还可能引发消费者的投诉和纠纷，对企业的声誉和经营造成不利影响。
因此，食品生产企业在使用转基因油时，应严格遵守相关法律法规，确保合规经营，以维护消费者的权益和企业的长远发展。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。