在虚开增值税专用发票案件中，被告人违法所得的计算通常不会扣除已交税款。以下从不同角度为您详细分析并举例说明：

一、法律原则角度

从法律原则上看，违法所得是指行为人通过违法行为所获得的利益。在虚开增值税专用发票案件中，被告人通过虚开行为骗取了国家税款，这部分税款本质上属于国家的损失，而非被告人的合法所得。因此，在计算违法所得时，不应扣除被告人已交的税款。因为已交的税款可能是基于其他合法交易或虚构交易而缴纳的，与虚开行为本身无直接关联，不能作为抵减违法所得的理由。

二、司法实践角度

在司法实践中，法院在审理虚开增值税专用发票案件时，通常会根据被告人的虚开金额、骗取税款数额等情节来认定违法所得。例如，某被告人虚开增值税专用发票，涉及税款数额巨大，法院在判决时，会直接以骗取的税款数额作为违法所得的认定依据，而不会扣除被告人已交的税款。这是因为已交税款并不能改变虚开行为的违法性和骗取税款的本质。

具体案例：

• 案例一：某公司为获取非法利益，虚开增值税专用发票，涉及税款数百万元。法院在审理时，认定该公司的违法所得为骗取的税款数额，并未扣除公司已交的税款。最终，法院以虚开增值税专用发票罪判处该公司及相关责任人刑罚，并追缴违法所得。

• 案例二：个人甲为谋取私利，虚开增值税专用发票给乙公司，乙公司据此抵扣了税款。后甲被查获，法院在审理时，认定甲的违法所得为其虚开行为给国家造成的税款损失，并未扣除甲可能因其他原因已交的税款。最终，甲被以虚开增值税专用发票罪判处刑罚，并追缴违法所得。

三、法律后果角度

如果允许扣除已交税款来计算违法所得，那么可能会鼓励一些不法分子通过虚开增值税专用发票来获取非法利益，同时试图通过缴纳部分税款来减轻自己的法律责任。这种做法显然违背了法律的公平和正义原则，也不利于维护国家的税收秩序和市场经济秩序。

四、建议与提醒

对于涉及虚开增值税专用发票的案件，被告人及其辩护人应正确认识违法所得的计算方式，不要试图通过扣除已交税款来减轻自己的法律责任。同时，也提醒广大企业和个人要遵守国家税收法律法规，不要参与虚开增值税专用发票等违法行为，以免给自己带来不必要的法律风险和经济损失。

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