往来对账函上加盖的并非备案章，但该对账函仍然可能有效。以下从不同角度进行分析：
一、对账函的法律效力基础
对账函作为确认双方债权债务关系的重要凭证，其法律效力主要来源于双方的真实意思表示。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定及不违背公序良俗等条件。因此，只要对账函上的签章能够代表双方的真实意愿，且内容合法，即便签章并非备案章，也不影响其法律效力。
二、备案章与非备案章的区别及影响
备案章：通常指企业在相关部门进行备案登记的公章或合同专用章，具有较高的公信力和法律效力。在正式合同或重要法律文件中，使用备案章可以增强文件的权威性和可信度。
非备案章：可能包括部门章、业务章、财务章等，这些印章虽未在相关部门备案，但在企业内部管理中仍具有一定的使用范围和效力。在对账函等内部确认文件中，使用非备案章并不必然导致文件无效，关键在于双方是否认可该印章的代表性和真实性。
三、对账函有效性的具体判断
双方认可：如果双方在对账过程中均认可使用非备案章作为确认债权债务关系的依据，且该对账函的内容真实、准确，那么该对账函即具有法律效力。
交易习惯：在某些行业或领域，使用非备案章进行对账可能已成为一种交易习惯。在这种情况下，只要该习惯不违反法律法规的强制性规定，且双方均予以认可，那么使用非备案章的对账函同样有效。
证据效力：在诉讼或仲裁过程中，对账函作为证据使用。法院或仲裁机构在审查对账函的证据效力时，会综合考虑对账函的形成过程、内容真实性、双方认可程度等因素。即便对账函上加盖的是非备案章，只要其他证据能够佐证其真实性，该对账函仍可能被采纳为有效证据。
四、建议与风险提示
完善内部管理：企业应加强对印章的管理和使用，明确各类印章的使用范围和权限，避免因印章使用不当而引发的法律风险。
明确对账流程：在签订对账函时，双方应明确对账流程、签章要求等事项，确保对账函的真实性和有效性。
保留相关证据：在对账过程中，双方应保留好相关证据材料，如对账记录、往来邮件、聊天记录等，以便在发生纠纷时能够提供充分的证据支持。
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