对账函上公司盖的电子章在符合一定条件下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、电子章的法律效力基础

根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子签名（包括电子章）与手写签名或者盖章具有同等的法律效力，但前提是该电子签名需满足以下条件：

1. 真实身份：电子签名制作数据用于电子签名时，属于电子签名人专有；
2. 签署意愿：签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制；
3. 数据完整：签署后对电子签名的任何改动能够被发现；
4. 文件完整：签署后对数据电文内容和形式的任何改动能够被发现。

如果电子章的使用符合上述条件，那么它在对账函上的使用就是有效的，具有与手写盖章同等的法律效力。

二、电子章在对账函中的具体应用

1. 合同或文件类型：对账函通常属于确认双方债权债务关系的文件，其性质类似于合同或协议。在符合电子签名法规定的情况下，电子章可以用于此类文件的签署。
2. 双方约定：如果双方在对账函中明确约定可以使用电子章进行签署，或者双方在实际操作中已经形成了使用电子章的惯例，并且没有对此提出异议，那么电子章的使用就是有效的。
3. 行业惯例与交易习惯：在某些行业或交易中，电子章的使用可能已经成为一种普遍接受的惯例。在这种情况下，即使双方没有明确约定，电子章的使用也可能被视为有效。

三、注意事项与风险防范

1. 确保电子章的真实性与合法性：公司应确保所使用的电子章是真实、合法的，并且已经通过了相关机构的认证或备案。
2. 保存电子证据：在使用电子章签署对账函时，公司应妥善保存相关的电子证据，如电子签名制作数据、签署过程记录等，以备在发生纠纷时作为证据使用。
3. 注意对方接受程度：尽管电子章在法律上具有与手写盖章同等的效力，但在实际操作中，仍需考虑对方是否接受电子章的使用。如果对方对电子章的效力存在疑虑或拒绝接受，公司可能需要考虑采用其他方式进行签署。

四、法律后果

如果公司使用的电子章不符合电子签名法的规定，或者在使用过程中存在瑕疵或违规行为，那么该电子章在对账函上的使用可能被视为无效。这可能导致对账函的法律效力受到质疑，进而影响公司的债权债务关系确认和后续的法律纠纷处理。

建议：公司在使用电子章签署对账函时，应确保符合电子签名法的相关规定，并妥善保存相关电子证据。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。