公司扣押员工ID号的行为，在大多数情况下是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。公司扣押员工ID号，可能侵犯了员工的这些基本权利，尤其是与劳动安全卫生保护、提请劳动争议处理等相关的权利。
- 具体来说，如果员工ID号与员工的考勤、工资发放、门禁系统等紧密相关，公司扣押该ID号可能导致员工无法正常进出工作场所、无法按时考勤或领取工资，从而侵犯了员工的合法权益。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了员工ID号的使用和管理方式，且未赋予公司扣押的权利，那么公司扣押员工ID号就违反了劳动合同的约定。
二、实践角度
公司管理需要：
- 虽然公司可能出于管理需要（如防止员工随意进出工作场所、保护公司财产安全等）而希望扣押员工ID号，但这种做法并不合法。公司可以通过其他合法手段（如制定严格的门禁制度、加强安保措施等）来实现管理目标，而不必侵犯员工的合法权益。
员工权益保护：
- 员工ID号作为员工身份的重要标识，与员工的个人隐私和信息安全密切相关。公司扣押员工ID号可能导致员工的个人信息泄露或被滥用，从而给员工带来不必要的麻烦和损失。
三、法律后果
行政处罚：
- 如果公司扣押员工ID号的行为被劳动行政部门认定为违法，劳动行政部门有权对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
民事赔偿：
- 如果公司扣押员工ID号导致员工遭受了经济损失（如无法按时领取工资、因无法进出工作场所而产生的额外费用等），员工有权要求公司进行民事赔偿。
四、建议
与公司协商：
- 如果员工发现公司扣押了自己的ID号，可以首先尝试与公司进行协商，要求公司立即归还ID号并停止此类违法行为。
向劳动行政部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门对公司进行调查和处理。
寻求法律援助：
- 如果员工的合法权益受到了严重侵犯，且无法通过协商或投诉解决，员工可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司扣押员工ID号的行为在大多数情况下是违法的。员工应当了解自己的合法权益，并在必要时采取措施维护自己的权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。