当工程合同被认定无效后，法院在处理工程款问题时，会依据工程的具体情况、双方的过错程度以及相关法律法规来作出综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、工程验收合格的情况
如果建设工程已经竣工并且验收合格，那么承包人有权请求参照合同约定来支付工程价款。这一处理原则是基于公平原则，因为承包人已经付出了劳动，并且工程质量也达到了合格标准，所以应当获得相应的报酬。法院在判决时，通常会支持承包人的这一请求。
二、工程验收不合格的情况
修复后验收合格： 如果建设工程在竣工验收时不合格，但经过修复后验收合格，那么发包人仍然需要支付工程价款。不过，发包人有权请求承包人承担修复费用。这是因为不合格工程在修复过程中产生了额外的成本，这部分成本应当由造成不合格的承包人承担。
修复后仍不合格： 如果建设工程在修复后仍然不合格，那么承包人将无权请求参照合同约定来支付工程价款。因为不合格工程不符合交付要求，承包人有责任进行修复。如果最终修复后仍然不合格，那么承包人就不能获取工程款。
三、过错责任的划分
在工程合同无效的情况下，法院还会根据双方在合同签订、履行过程中的过错程度来判定各方承担相应的损失。例如，如果一方故意提供虚假资质导致合同无效，那么这一方可能需要承担主要的赔偿责任。过错责任的划分是确保公平正义的重要环节。
四、返还财产与折价补偿
如果一方基于无效合同取得了财产，法院会判令其返还。如果无法返还或者没有必要返还，那么应当进行折价补偿。这一处理原则是为了确保双方的财产权益得到平衡保护。
五、收缴非法所得
在工程合同无效的情况下，法院还有权收缴承包人、出借资质方等的非法所得。例如，如果承包人借用资质中标，那么其非法所得可能会被法院收缴。这一处理原则是为了维护建筑市场的秩序和公平竞争。
总结
综上所述，当工程合同被认定无效后，法院在处理工程款问题时，会综合考虑工程实际情况、双方过错程度以及相关法律法规来作出判决。判决原则包括保障工程质量前提下合理确定各方责任及费用承担、确保公平合理解决纠纷等。因此，在面临工程合同无效的情况时，建议双方积极协商解决纠纷，或者寻求法律途径来维护自己的合法权益。