关于您提出的“搬迁协议是否可以抵税”的问题，这实际上涉及多个方面，包括契税、增值税以及企业所得税等，下面我将为您详细解答。

首先，就契税而言，根据国家相关政策，如果您在棚户区改造拆迁安置中选择的是货币补偿，并且之后再次购买房产，那么您可以凭借拆迁合同根据补偿金额相应抵扣契税。但需要注意的是，这一政策的具体实施可能会因地区而异，且通常要求拆迁协议和新购买房产的所有人名字一致。例如，您提到的在九江市武宁县的情况，可能由于拆迁协议是市区的而非县城的，或者拆迁的是住房而购买的是商铺，导致无法抵扣契税。这并不意味着政策在县里就变了样，而是可能由于具体的执行细则或地区差异导致的。

其次，就增值税而言，如果您取得的拆迁补偿款（包括现金补偿和房屋补偿）需要按照转让不动产缴纳增值税，那么您取得的补偿房屋若可以取得增值税专用发票，是可以抵扣进项税额的。这一点对于企业来说尤为重要，因为它们在搬迁过程中可能会涉及到大量的不动产转让。

最后，就企业所得税而言，企业取得符合规定的政策性搬迁或处置收入后，如果根据搬迁规划异地重建并恢复原有或转换新的生产经营业务，那么用这些搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权，或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除相关支出后的余额计入企业应纳税所得额。此外，企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产，还可以按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。

综上所述，搬迁协议是否可以抵税取决于多个因素，包括补偿方式、购买房产的类型、地区差异以及具体的税种等。因此，我建议您在具体操作前咨询当地的税务机关或专业律师，以确保您的权益得到最大程度的保障。