关于您提出的“拆迁协议是否可以抵第三套房税款”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体的税务规定、政策以及您的个人实际情况来综合判断。

首先，我们要明确的是，拆迁协议本身并不直接用于抵税。拆迁协议是拆迁人与被拆迁人之间就房屋拆迁补偿、安置等事项达成的具有法律效力的协议，它主要规定了双方的权利和义务。而契税减免的优惠，通常是基于拆迁补偿款的使用情况来确定的，而非拆迁协议本身。

接下来，我们详细探讨一下契税减免的具体规则：

1. 契税减免的基本条件：

   • 被拆迁人需要使用拆迁补偿款来重新购置房产。
   • 购置的房产需要符合当地政策的要求，这可能涉及购房时间、房屋性质（如普通住宅）等因素。

2. 契税减免的具体操作：

   • 如果被拆迁人将全部拆迁补偿款用于购买一套房产，且符合当地政策要求，那么这套房产可以按照拆迁补偿款的额度来抵减契税。
   • 如果用拆迁补偿款分别购买多套房产，也可以在拆迁补偿款总额的范围内享受契税减免。也就是说，购房总金额不超过拆迁补偿款的部分，均可减免契税。

3. 关于第三套房的特殊情况：

   • 对于第三套房的契税减免，关键在于您是否使用拆迁补偿款来购买，以及购买的总金额是否在拆迁补偿款的范围内。
   • 如果您使用拆迁补偿款购买第三套房，且购房总金额不超过拆迁补偿款，那么理论上是可以享受契税减免的。但具体还需根据当地政策来确定，因为不同地区对于多套房抵税可能有额外的限制条件或审批流程。

4. 超出补偿款部分的税务处理：

   • 如果新购置房产的总价款超过了拆迁补偿款，超出部分需按照当地规定的契税税率正常缴纳契税。

5. 其他相关税费：

   • 除契税外，拆迁补偿款和安置房还可能涉及个人所得税、房产税等其他税费。这些税费的税务处理需根据相关法律法规和政策进行。

鉴于拆迁协议抵税问题涉及复杂的税务规定和政策环境，且每个人的拆迁补偿情况和安置房情况都是独一无二的，我建议您咨询专业的税务律师或税务机构。他们可以根据您的具体情况，提供针对性的税务咨询和筹划服务，帮助您更好地理解和处理相关税务问题。

综上所述，拆迁协议本身并不直接用于抵税，但您可以通过合理使用拆迁补偿款来享受契税减免的优惠。具体能否抵第三套房的税款，还需根据当地政策和您的个人实际情况来确定。