公司收到员工工资相关款项的处理方式需根据款项性质和来源分情况处理，具体如下：

1. 若款项为员工误转或超额支付

   • 法律性质：属于不当得利，公司应返还。根据《民法典》第985条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还。
     
   • 处理步骤：
     
     • 立即与员工核对转账记录，确认金额和原因；
       
     • 通过银行转账或现金方式全额退还，保留退款凭证；
       
     • 若员工主张利息或其他损失，需根据实际情况协商或通过法律途径解决。
       
   • 风险提示：若公司拒不返还，员工可起诉要求返还，公司可能承担诉讼费及额外损失赔偿。

2. 若款项为代发工资错误（如HR操作失误）

   • 法律性质：公司需承担管理责任，及时纠正错误。根据《工资支付暂行规定》，用人单位应将工资支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。
     
   • 处理步骤：
     
     • 内部核查工资发放记录，确认错误原因；
       
     • 与员工沟通，说明情况并协商解决方案（如从下月工资中扣除多付部分）；
       
     • 若员工不同意扣除，公司需自行承担损失，不得强制扣款。
       
   • 风险提示：若公司未经员工同意单方扣款，可能构成违法克扣工资，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 若款项涉及第三方（如政府补贴、税务返还）

   • 法律性质：需根据款项用途和合同约定处理。例如，若为稳岗补贴，需专款专用；若为税务返还，需按税法规定处理。
     
   • 处理步骤：
     
     • 核对款项来源和用途说明；
       
     • 按照政府或税务部门要求使用资金，并留存凭证；
       
     • 若涉及员工个人部分（如个税返还），需及时告知员工并处理。
       
   • 风险提示：若挪用专项资金，可能面临行政处罚或刑事责任。

4. 若款项为员工借款或预支工资

   • 法律性质：需签订书面协议，明确还款期限和方式。根据《劳动合同法》，用人单位不得随意预支工资，但双方协商一致除外。
     
   • 处理步骤：
     
     • 签订借款协议，注明金额、用途、还款时间；
       
     • 从员工后续工资中分期扣除，保留扣除记录；
       
     • 若员工离职未还款，可依法追讨。
       
   • 风险提示：若无书面协议，可能被认定为赠与或无法追讨。

总结建议：公司收到员工工资相关款项时，应第一时间核实款项性质，根据不同情况采取合法合规的处理方式，并保留完整凭证。若涉及复杂情况（如大额纠纷、第三方主张权利），建议直接向我咨询，我会结合具体证据和法律条款提供解决方案。