行政单位个别科室实行自行签到机制是否合法，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：

一、合法性分析

1. 符合内部管理规定：

   • 行政单位作为公共机构，有权根据工作需要制定内部管理规定，包括考勤制度。若个别科室的自行签到机制是单位整体考勤制度的一部分，且该制度已经过合法程序制定（如职工代表大会讨论通过、单位领导班子审议等），并符合相关法律法规的要求，那么该机制是合法的。

2. 不违反法律法规：

   • 自行签到机制本身不应违反国家法律法规的强制性规定。例如，它不应侵犯员工的合法权益（如休息权、隐私权等），也不应违反劳动法、公务员法等相关法律法规中关于工作时间、考勤管理的规定。

3. 公平合理：

   • 自行签到机制应公平合理，适用于所有相关员工，不应存在歧视或不合理差异。同时，签到机制应与员工的工作性质、岗位特点相适应，确保既能有效管理员工出勤，又不会给员工带来不必要的负担。

二、可能存在的法律风险

1. 程序不合法：

   • 如果自行签到机制的制定程序不合法（如未经合法程序讨论通过、未公示等），或者该机制违反了单位内部的规章制度，那么该机制可能面临被撤销或无效的风险。

2. 内容不合法：

   • 如果自行签到机制的内容违反了国家法律法规的强制性规定（如要求员工超时工作、侵犯员工隐私等），那么该机制不仅不合法，还可能引发法律纠纷。

3. 执行不当：

   • 即使自行签到机制本身合法，但在执行过程中如果存在不当行为（如滥用签到数据、对员工进行不公正处罚等），也可能引发法律问题。

三、建议与措施

1. 完善制度：

   • 行政单位应制定完善的考勤管理制度，明确签到机制的具体内容、执行方式和监督机制，确保制度的合法性和合理性。

2. 加强培训：

   • 对员工进行考勤管理制度的培训，确保员工了解并遵守相关规定，减少因误解或不知情而引发的法律问题。

3. 依法执行：

   • 在执行签到机制时，应依法进行，确保数据的真实性和准确性，避免滥用或误用签到数据。

4. 及时调整：

   • 根据实际情况和员工反馈，及时调整和完善签到机制，确保其既能有效管理员工出勤，又能保障员工的合法权益。

如有具体案例或进一步疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。