在执行程序中，若标的物已被查封且存在在先抵押，利害关系人应选择提执行异议还是另案起诉，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、提执行异议的适用情形
对执行行为的异议：
- 若利害关系人认为执行法院的查封行为违反了法律规定，如查封程序违法、查封标的物错误等，可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条的规定，向执行法院提出书面异议。
- 执行法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或者改正；理由不成立的，裁定驳回。利害关系人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。
对执行标的的异议：
- 若利害关系人（如抵押权人）认为执行法院查封的标的物属于其所有或享有其他足以阻止执行的实体权利，如抵押权，可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十四条的规定，向执行法院提出书面异议。
- 执行法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，并作出裁定。利害关系人对裁定不服的，认为原判决、裁定错误的，依照审判监督程序办理；与原判决、裁定无关的，可以自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
二、另案起诉的适用情形
抵押权确认之诉：
- 若利害关系人（如抵押权人）与债务人或其他利害关系人之间就抵押权的设立、效力、范围等存在争议，且该争议无法通过执行异议程序解决，利害关系人可以另行向人民法院提起抵押权确认之诉。
- 在该诉讼中，利害关系人需要证明其与债务人之间存在有效的抵押合同，且抵押权已依法设立并享有优先受偿权。
执行异议之诉的前置程序未满足：
- 若利害关系人未能在执行异议程序中提出有效的异议，或者执行异议被驳回后未能在法定期限内提起执行异议之诉，且认为其权益受到侵害，可以另行提起诉讼来维护其权益。但这种情况较为少见，因为通常执行异议程序是解决此类争议的首选途径。
三、具体建议
优先选择执行异议程序：
- 对于执行程序中的标的物查封和抵押权问题，利害关系人应优先选择执行异议程序来解决。因为该程序具有高效、便捷的特点，且能够直接针对执行行为或执行标的提出异议。
准备充分的证据材料：
- 无论选择提执行异议还是另案起诉，利害关系人都需要准备充分的证据材料来支持其主张。例如，抵押合同、抵押权登记证明、债务人违约证明等。
咨询专业律师：
- 由于执行程序和抵押权问题涉及复杂的法律关系和程序规定，利害关系人在处理此类问题时最好咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。（当然，作为刘丰铭律师，我随时欢迎你向我咨询债务债权、抵押担保等领域的法律问题。）
总结来看，在执行程序中，若标的物已被查封且存在在先抵押，利害关系人应根据具体情况选择提执行异议或另案起诉。优先选择执行异议程序来解决争议，并准备充分的证据材料来支持其主张。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。