被挂靠企业是否需要与挂靠人一起承担挂靠项目的亏损赔偿责任，需依据具体情况判断。以下从不同法律场景和责任类型进行详细分析：
一、合同纠纷场景
第三人明知挂靠关系：
- 若合同相对方（第三人）明知挂靠关系的存在，且合同由挂靠人自行签订，那么在合同履行过程中产生的亏损，通常先由挂靠人承担责任。但第三人也有权要求被挂靠企业承担责任，此时被挂靠企业与挂靠人可能承担连带责任。
第三人不知挂靠关系：
- 若合同相对方不知挂靠情况，且挂靠人以被挂靠企业名义签订合同，那么在合同履行过程中产生的亏损，被挂靠企业需承担合同责任。被挂靠企业在承担责任后，有权向挂靠人追偿。
二、侵权纠纷场景
道路运输领域：
- 根据《民法典》及相关司法解释，以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。这意味着，如果挂靠车辆在运输过程中因亏损导致侵权行为（如交通事故），被挂靠企业需与挂靠人共同承担赔偿责任。
建设工程领域：
- 在建设工程领域，如果挂靠人以被挂靠企业名义从事施工活动，且因质量问题导致损失，被挂靠企业与挂靠人需对发包人承担连带赔偿责任。这同样适用于因亏损导致的工程质量问题或其他侵权行为。
三、被挂靠企业免责情形
挂靠人以自身名义独立实施行为：
- 若挂靠人在交易时明确以自己名义进行，未使相对人认为其代表被挂靠企业，且相对人对此明知，那么被挂靠企业可能免责。例如，挂靠人甲与乙签订合同，明确表明是个人行为，乙知晓甲挂靠情况，此时合同纠纷中被挂靠企业可能免责。
有证据证明相对人恶意串通：
- 若能证明挂靠人与相对人恶意串通损害被挂靠企业利益，被挂靠企业可不承担赔偿责任。但需有充分证据证明恶意串通事实。
四、法律建议与风险防控
严格审查挂靠人资质和信誉：
- 被挂靠企业在选择挂靠方时，应进行严格的尽职调查，确保挂靠方具备相应的资质和信誉，避免与不良主体合作。
签订详细规范的挂靠协议：
- 被挂靠企业应与挂靠人签订详细规范的挂靠协议，明确双方的权利义务关系，包括亏损责任的承担方式。这有助于降低被挂靠企业的法律风险。
加强监督和管理：
- 被挂靠企业应对挂靠方的行为和项目质量负有监督和管理责任，确保挂靠行为符合法律法规的要求。通过加强监管，可以及时发现并纠正挂靠方的违规行为，降低亏损风险。
针对您的情况，我建议您首先审查挂靠协议中的相关条款，明确亏损责任的承担方式。如果协议中没有明确约定或约定不明确，您可以根据上述法律场景和责任类型进行分析和判断。同时，为了降低法律风险，我建议您加强与挂靠方的沟通和协作，共同应对亏损问题。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。